面对在九十年代初就已经上市的对手，依赖原有街跑车风格的 FZR1000R、YZF1000R 去支撑局面已经显得越来越吃力，Yamaha 终于在 1998 年正式推出了全新的超级跑车 YZF-R1。而作为观众，新车与上一款的 YZF1000R 相比，最大的变化莫过于以往平坦的前、后座位，变成了一高一低的座位。这表示 Yamaha 决意将原来此级别的街跑车路线，转往纯运动型的方向。

厂方把这部全新的旗舰级跑车称之为：“ 不妥协的超级运动机器 ”！开发人员以三个明确的目标去进行工作：制造最高的功率输出、最低的重量和最紧凑的尺寸。新车采用了一副经过全新设计的水冷四冲程直列四汽缸、DOHC每汽缸五汽阀的发动机，形式上、配汽结构的设计上与之前的 FZR1000R、YZF1000R 相同，但内部结构则全部都是新的设计，缸径、行程修改为 74 mm x 58 mm（FZR1000R、YZF1000R 的对应规格是 75.5 mm x 56 mm），排汽量 998 cc，口径为 40 mm、下吸式设计的 Mikuni 化油器，最大动力输出 150 匹（上一款超级跑车 YZF1000R 的排汽量是 1,002 cc、最大动力输出 145 匹）。

三角形整体布局的设计概念（曲轴、传动轴和车架主轴的中心点以三角形布局。传统的布局是以呈水平线去设计），比传统常见的螺栓连接形式更轻、更强d的连体式曲轴箱（曲轴箱与汽缸为一个零件的形式制作而成）的设计，1,395 mm 的超短轴距、配以较长的摇臂（短轴距可提高操控性，长摇臂则是提升加速度和稳定性），最新一代的铝制 DeltaboxⅡ 车架，叉芯口径为 41 mm 的倒立式前叉。整车的干燥重量（不含润滑油、燃料、水箱水）仅为 177 公斤（YZF1000R 的重量是接近 200 公斤）。而上述的这种设计概念与布局结构，到今天仍然是超级跑车开发过程中所遵循的基础。

与 1998 款相比，1999 年推出的 YZF-R1 仅在外观的图案线条上作出了更生动的改变，发动机则没有太大的变化，依旧是150匹马力的版本。

2000 年款的 YZF-R1 属于中期改进型，车身与发动机的很多细节均经过了微调，整车的净重降低了 2 公斤（175 公斤），新的车身图案，采用了钛合金的排汽管，110.3kw（超过150匹）的最大马力。

2001’ YZF-R1 是在上一版的基础上，在外观图案上略作改动而成，其他的基本没多大的分别。