秦时明月除了有各种门派，帝国军队，还有各种组织，这些组织有的高调，有的低调，但却各有各厉害，都是不好惹的。流沙：聚散流沙，生死无踪

由韩非、卫庄等人创立的组织，原作用为铲除“夜幕”组织等奸邪，保护韩国，后由卫庄的带领，成为七国中有名的赏金刺客杀手团，分主部流沙，支部逆流沙。

代表人物：四天王、卫庄、张良

罗网：天罗地网 无孔不入

又赵高管理的秦国刺客团，以蜘蛛为组织目标。势力遍布七国之中，即便是杀一个国家的重要人物也如探囊取物一般，组织内有尊卑分明等级制度和严苛的晋级条件，商鞅、扁鹊、公孙衍（仅动画）都曾上过罗网的死亡名单。

代表人物：田言、六剑奴

夜幕：皑皑血衣侯，石上翡翠虎，碧海潮女妖，月下蓑衣客

秦时明月姊妹篇天行九歌中的组织，由韩国大将军姬无夜一手建立和壮大，由“四凶将”和“百鸟”组成。明面上是保护韩王的私人组织，实际上姬无夜横行韩国的利器，和罗网有利益来往关系。

代表人物：四凶将、墨鸦

影密卫

由章邯带领的秦王贴身部队，特点是行动快速，杀伐果断，不过这种组织的综合实力并不高。

代表人物：章邯

百越杀手团

百越部族留下的残部，由百越王子天泽带领，麾下各人都有着不凡的能力，能够以一敌百。

代表人物：焰灵姬、天泽、驱尸魔