北京南苑机场始建于抗日战争时期，属于南苑日伪兵营，原址是明清时期皇家狩猎的园囿。

1949年中华人民共和国成立后，北京南苑机场成为北京郊区最重要的 北京南苑机场空军机场，归北京军区管辖，承担起保卫首都空域、保障首长专机起落的任务，

中华人民共和国建国后历次国庆阅兵的飞机编队也是从这里起飞的。中国空军以及来访的外国飞行表演队的飞行表演会在北京南苑机场举行。

20世纪90年代，中国联合航空公司成立，基地设在北京南苑机场，并先后开通数十条国内客货航线。从此，北京南苑机场由原来的军用机场变成军民两用机场。

2006年，候机楼改造工程启动，南苑机场的硬件设施和服务环境都将得到很大改善。2007年新扩建的北京南苑机场候机楼建筑面积近一万平方米，可同时接待近千人同时侯机，大大改善了乘客的候机环境。

1910年8月清政府筹办航空事业，在南苑开办飞机修造厂试制飞机，并利用南苑的毅军操场修建了供飞机起降的简易跑道。自此，南苑机场成为中国第一个机场。

辛亥革命后，袁世凯采纳法国顾问的建议，于1913年在南苑创建了中国第一所正规的航空学校——南苑航空学校，并花费30万银元买进10架法国“高德隆”双翼教练机。第二次直奉战争后，航空学校停办，但它前后四期培养的100多名飞行员，在中国航空史上起了重要作用

中国抗日战争时期，日本军对南苑机场进行了扩建，完善了航空指挥设施，更名为南苑兵营。1945年日本投降后，南苑机场成为国民政府和中华民国空军的重要机场之一，蒋中正专机在此降落，傅作义专机在此起飞，许多国民党军政大员曾在南苑机场登机。