民国二年（1913）四月，当时正值中国盐政改革的重要时期。袁世凯政府与英、法、德、俄、日五国银行团签订“善后大借款”两千五百万英镑，以盐税、关税及冀鲁豫苏四省的中央税为担保，但事实上只有盐税可作长期担保。当时官商侵吞、地方截留盐税严重，盐务改革如箭在弦。同年六月，在财政次长张弧兼任盐务署长、稽核总所总办之外，英国人丁恩又任总所会办，规定所有盐务收支项目必须总办、会办共同签字方为有效。次年二月，政府公布新章程，在北京设稽核总所，各产盐区设分所，分所也设华人经理、洋人协理各一名，均不再隶属盐务署，而直接隶属财政部，机构（人员、经费）独立，行政、税务两条线。林振翰就是在这一背景下赴四川上任。任上，他看到当时洋人会办控制中国盐政，盐税收入源源流入五国银行团金库，忧愤交加，便开始弹精竭虑地钻研盐政。一年多后，写就《川盐纪要》一书，开了中国盐政专著之先河。

民国十一年（1922），林振翰调任宁波稽核支所助理。民国十五年（1926），调运圩支所，代理扬州、松江两分所经理。民国十八年（1929），实授松江经理。不久调川南任职。他在积十多年钻研之功和经历一番思索之后，于四川自流井任内写下《以价廉物美之宗旨达福国利民之目的，为治盐唯一政策议》一文。文章鞭辟入里地指出“划地行盐，专商垄断，税则繁重，吏道太杂”，乃盐政弊病之根源。

同时又阐明改革盐政的根本措施，在于打破产销引界，取消专商垄断，撤除关卡，产区就场征税，一次纳税之后，听凭远销，自由竞争，以繁荣盐业生产。这个“以治本为重”的改革之议在当时财政界产生颇大影响，但却触及垄断盐商、贪官污吏、封建军阀的利益，因而横遭诽谤。林振翰被迫辞职离蜀，改任南京盐务总所秘书。四川民众为之镌刻“福国利民”去思碑，立于自贡山麓，以志思念。

民国十九年(1930)，国民党政府因“国用匮乏”，拟增加盐税，每百斤征五元。讨论议案时，林振翰据理力争，认为重税则百姓不堪重负，而且将导致私盐增多。几经申辩，累计达数千言，最后才减为三元。林振翰潜心盐业研究与著述，二十多年中对全国产盐区（包括海盐、芦盐、井盐、矿盐）进行调查考察，足迹遍及大江南北。他调川南时，两年即写成《川盐纪要》一书。调浙江著有《浙盐纪要》，调南京著有《淮盐纪要》。此外，还著有《中国盐政辞典》、《中国盐政史》、《全国精盐调查录》等。这些著作被当时盐政人员奉为圭臬，林振翰亦成为闻名于世的盐法专家之一。民国二十一年(1932)，林振翰调任福建盐务稽核所经理后，对家乡盐务倍加关注。正当他继续考察盐务和著述《闽盐纪要》、《世界盐务大观》和《中国盐务历史舆地辞典》时，因奔波劳碌，积劳成疾，患脑溢血病逝于福州，时年四十九岁。对他的英年早逝，政界、学界和商界一片痛惜之声。南京、福州都举行了十分隆重的吊唁活动。

林振翰辞世后，灵柩回归故里，葬于宁德县城北（今宁德蕉城）门外坑里村獭山，墓碑书：“四川盐运使林君蔚文墓”。前侧建有石顶石柱的“先芬亭”，亭内立大碑镌刻陈衍先生撰写的墓表，亭前石柱上刻有对联：生而为英，已矣一抔土！死且不朽，卓哉千古名。林振翰译介世界语及盐政改革研究均卓有建树，其著述百余万言，今仍行世者有《汉译世界语》、《英文正字》、《中国盐政史》、《盐政辞典》、《精盐调查录》、《川盐纪要》、《淮盐纪要》等。