建文元年七月，领兵在外的燕王朱棣在姚广孝等人游说下以“清君侧”为名举兵起事，从而拉开了长达四年的叔侄战争，史称“靖难之役”。“靖难”，就是削平祸乱的意思。这是燕王方面的用词。对于建文帝来说，这个词是很可笑的。燕王打着为朝廷“靖难”的幌子，却是来跟自己作战，这不是造反又是什么？这叔侄大战，实际上确实是做叔叔的夺了侄子的皇位。

建文三年十二月，燕王朱棣反守为攻，率军直趋南京。六月十三日，李景隆和谷王打开金川门迎降，朱棣取得了“靖难之役”的最终胜利。

当朱棣领军进入南京城后，宫中一片火海，火势控制后，发现一具穿着龙袍的尸体，经验尸发现是太监所扮，那真正的建文帝去哪了呢？跟着他消失的还有太祖传下来的传国玉玺。建文帝下落纠结了朱棣一生，同时也成为中国历史上的一大谜团。关于建文帝的下楼之谜，600多年重说纷纭，有一种说法是建文帝下西洋，这可能就是郑和多次下西洋的原因之一吧！

找不到其实就应该是当时最好的结果了，一个获得了皇位，一个保住了性命，避免了更多的杀戮。况且永乐大帝还打造了一个明朝盛世。