军舰有的时候会挂满各种不同颜色、图案的旗帜。军舰挂的彩旗位置非常明显，远看上去，颇为华丽壮观。

16-18世纪大航海时代，海军旗帜的形制、使用规则基本定型。军舰的彩旗的主要用途是三项——识别、通讯、礼仪。用于识别的旗帜一般是各国的军旗还有主官旗(高级军官、国家领导人的专用旗)证明本舰所属哪国，这种旗帜一般不会降下。通信旗有很多不同的色彩和样式，每种都表示特定意义，与他舰沟通所用。

现在，军舰挂满彩旗最重要的用途是礼仪。军舰并非任何时候都挂满彩旗，只会在特定情形下才会隆重地挂满彩旗。一般来说，军舰出访他国，双方的军舰都会挂满旗以示对对方的尊重。军舰逢国内外重要人物登舰视察或者对民间开放允许平民参观，也要挂满旗表示欢迎。每逢重大节日和庆典，如海军节、入役仪式、阅舰式等，军舰也必须要挂满彩旗迎接。在海洋上航行，不同国籍的军舰相遇，通过识别旗可以判定国籍，但双方第一时间无法用无线电交流，因此也必须挂起部分通讯旗沟通意见。