各级机关事业单位，包括乡镇党委政府相关机构，工资经费发放，都有专门的程序。尤其是工资，由机构编制部门、人社局、财政局三堂会审后，直接发放到个人工资卡上。无论是什么原因，如果想扣发某个职工工资，不管是作为惩罚措施扣一两个月工资，还是长期扣发，都必须由单位向人社局提出申请，并说明原因，提供扣发依据。经人社局工资审核机构审核并出具相关信函后，才可以扣发。扣发工资的行为，也是由财政局直接扣发，而并非发到单位，由单位扣留，甚至挪作他用。

因此，如果单位因个人违规、违纪等行为，想通过扣发当月工资的手段进行惩罚，其过程比较复杂，操作起来也比较困难，基本上很难行得通。还不如直接罚款来得容易，但同样的，单位如果没有足够的依据，也没有办法对个人进行处罚，根据什么规章制度处罚，处罚多少合适，这个惊讶都比较难以掌握。如果是一两百块钱以内，没有人会认真追究，如果是一个月工资，那都是3000元以上，这么一大笔钱，即使能扣，单位也不敢扣。一方面，个人如果认真追究，单位也拿不出相应的依据，更不用说具体处罚数额的依据；另一方面，这笔钱扣发后，如何处理也是个难题，稍不留神，就会违规。

如果职工违规违纪，想通过经济手段处罚，只有在事业单位才行得通。但也并不是所有的事业单位，只有在差额事业单位、自收自支事业单位，或者像中小学校这样实行绩效管理的事业单位，才能有实施的可能。差额事业单位有一部分工资由单位自行解决，自收自支事业单位所有的工资都由单位生产经营收入解决，由单位自行负担的这部分工资，单位可以自作主张，有一定的自主权。实行绩效管理的事业单位，也可以通过绩效工资的调整，实现奖惩的目的。

因此，机关事业单位想通过扣发工资等经济手段，实现奖惩的目的，或者处理违规违纪职工，并没有想当然那样容易，反而是执行起来比较困难，还容易给单位造成新的违纪行为，建议慎重使用。