玛瑙一词来源于佛经，梵文译音"阿斯玛加波"，意为"马脑"，因其色彩纹理似马脑而得名，又因为此"马脑"属玉，因而古人译其义而有"玛瑙"一词。

古人常根据其花纹及颜色，给予具体的名称。因此其名称杂且多，如锦红玛瑙、曲蟮玛瑙、酱斑玛瑙、夹胎玛瑙、缠丝玛瑙、柏枝玛瑙等等，种类繁多，多数听其名而知其纹和色。而现代玛瑙的分类，同样考虑其花纹特征和颜色，将玛瑙按不同颜色、不同花纹图案、不同特殊光学效应，以及特殊包裹物等不同特点，分成四类多个品种。

按颜色特征划分

此类玛瑙颜色较为单一，以一种颜色为主，而颜色的深浅或不同色调显现出其美丽的纹带。根据其主体色调通常分为红玛瑙、蓝玛瑙、紫玛瑙、绿玛瑙、黄玛瑙、胆青（鬼头青）玛瑙、白玛瑙等品种，其中天然蓝玛瑙、紫玛瑙、绿玛瑙很少见，市场上所见基本均为染色品。

红玛瑙即红色的玛瑙，主要为褐红、酱红、红、橙红等色，古代称为"赤玉"，是玛瑙中最好的品种之一。行话"玛瑙无红一世穷"，就是说玛瑙没有红色，价值便不高，这是因为真正天然产出的红玛瑙并不多，尤其是大块者，自然价高。现今有了热处理和染色技术，红玛瑙便很常见并且物美价廉。

以花纹图案划分

此类玛瑙以花纹图案见长，据其纹带或花纹图案的不同特征可划分以下品种：

缟玛瑙，是指具有非常细的平行纹带的玛瑙，有一种颜色的不同色度组成细纹的，也有两种颜色相间的品种。其中最着名的品种，应是"缠丝玛瑙"，739009009是一种具有红色或褐红色与白色相间的细密平行条纹的品种，极似在红色的线轴上缠绕了白丝线，非常美丽。而缟玛瑙根据颜色还可以分为多个品种，如白缟玛瑙、黑白缟玛瑙、红缟玛瑙、褐白缟玛瑙、棕黑缟玛瑙等，其中以红缟玛瑙和红白缟玛瑙最佳。

带状玛瑙，是指具有较宽平行纹带的玛瑙。通常条带为单色的不同色调，或为两种相间排列的颜色组成，少有两种以上颜色。这种玛瑙根据其不同的颜色，也可细分为多个品种，此外一种漆黑色玛瑙带有一条白色色带的品种被称为"合子玛瑙"。

玛瑙天然图案（风景玛瑙），是指玛瑙中的不同颜色、花纹以及不透明杂质等的组合，形成了花鸟鱼虫、人物、动物、植物图案、云海、日出、山水等画面。真正有丰富意境的玛瑙天然图案并不易得，多是可遇不可求，因而价值亦较高，其中较为出名的要属"苔藓玛瑙"或称"水草玛瑙"，我国南京的雨花石多数即为水草玛瑙，被称为金陵一绝。此外，还有云雾玛瑙或称昙玛瑙、龟背玛瑙、火炬玛瑙、蘑菇玛瑙、城廓玛瑙等等，都是根据其象形而命名。

特殊光学效应的玛瑙

此类玛瑙较少见，主要是指玛瑙中具有某些特殊光学效应的品种，通常可见到两种—火玛瑙和闪光玛瑙。火玛瑙其结构呈层状，层与层之间有薄层包裹物质，如氧化铁的薄片状矿物晶体，当光照射时，产生薄膜干涉现象，会闪出火红色的晕彩，故称其为火玛瑙。

闪光玛瑙。由于光线的照射，使玛瑙条纹产生相互干扰，出现明暗变化，抛光后效果更加明显。当入射光线照射角度变化时，其暗色影纹亦发生变化，十分美观而有趣。新疆产的玛瑙及南京雨花台所产的雨花石中都发现过这一品种的玛瑙，但较稀少。

以奇特包裹物闻名的玛瑙

这类玛瑙多指水胆玛瑙，当玛瑙中有封闭的空洞，其中含有水或水溶液时，即称为水胆玛瑙，摇晃时汩汩有声，以"胆"大"水"多为佳，是一种非常珍贵的品种。