袁世凯死后，冯国璋为巩固自身势力拉拢李纯和王占元结成同盟，被世人成为“长江三督”。后来冯国璋当了总统，新任的三督之首就是李纯。

李纯参军纯碎是父亲的安排，但本着既来之则安之的心态李纯在军队中表现十分优异，就被送到了天津武备学堂深造，在那里李纯各门功课都名列前茅，毕业后就收到邀请留校，做了一个教练。

后来袁世凯需要人帮他练兵，李纯就受到了他的器重，因为李纯处事圆滑，能讨得各个势力大佬的青睐，所以李纯的官职也升的很快。武昌起义爆发前，李纯就已经被清廷封为陆军协都统衔。后来还参加了对武昌起义的镇压，而且与于革命军的较量中小有胜绩，只可惜大势不容逆转，袁世凯顺势而为逼清帝退位，自己也当上了临时大总统，前脚还站在革命军对立面的李纯也被授予陆军中将，兼任豫南剿匪总司令。

在袁世凯制造宋教仁事件时，李纯就是监视南方革命党人的重要耳目。后来李烈钧挑头的“二次革命”爆发，但是遭到了李纯的镇压，袁世凯觉得自己没看错人，就封李纯做了江西督军。

袁世凯大搞复辟时还想重用李纯，但李纯却不愿意再为袁世凯卖命了，他转而联合冯国璋等人反袁称帝，因为这次站对了队伍，李纯的官位无忧，又在府院之争后升到了江苏督军的位置上，成为长江三督之首。

后来曹锟挑起直皖战争，吴佩孚大放异彩，率军最后战胜了皖系军队，李纯在其中也出了一些力，所以又乘上了高升的东风，受“英威上将军”名号，但李纯不知为何，拒绝了这个称号。

自此李纯的好运也到了头，他遭到舆论攻击，说他任用非人，遗祸全省。李纯难忍怨气，直接一病不起，四十六岁就死在了督军署内，至于死因也成了千古悬案。虽然被报社骂到生病，但李纯的名声其实在军阀中还算不错，毕竟他也是个为人精干的北洋干将。而且李纯的注意力并不全在军界，他在房地产和工商金融领域都有涉足，也因此挣得盆满钵满。有钱的李纯并不是“铁公鸡”，他曾捐建了三所“秀山小学”，也算是个慈善家了。