虽然《惊奇队长》如同其他超级英雄电影一样以原作漫画为基础改编，但是电影本身绝非完全照抄漫画内容，而是从原作的《克里大战斯克鲁》进行大改编，演绎出新生的卡罗尔‧丹佛斯——惊奇队长的故事。关于电影与原作漫画中的差异，外媒列出了以下五点：

1.星战部队

在电影一开始的时候，卡罗尔·丹佛斯作为克里军团“星战部队”的成员之一。该部队由甬罗格担任指挥官，卡罗尔与密涅瓦、克劳斯、阿特拉斯和布朗恩查一同对藏身宇宙的斯克鲁人执行克里帝国领导者“至高智慧”所下达的任务。

星战部队源自于1992年的《复仇者联盟》连载第346期，作为《复仇者联盟》的大事件：银河风暴，在漫画中该团队的组成包括队长阿特拉斯、军医密涅瓦、高阶参谋罗南、“至高智慧”、奥提摩斯、克劳斯和沙特拉克斯。虽然漫威电影宇宙中的阿特拉斯，密涅瓦和克劳斯确实为原作团队成员，但“至高智慧”并未在电影中多作着墨，而密涅瓦也非原作中的军医，而是在电影中担任狙击手。

同样，罗南在电影中领导一个完全独立的单位“控诉者”，而奥提摩斯和沙特拉克斯尚未在漫威电影宇宙中出现。虽然星战部队确实为克里星而战，但是在漫画中“银河风暴”事件结束后，该团队就被敌对的外星种族希阿接管。

2.至高智慧

在与甬罗格的争论之后，卡罗尔被送到“至高智慧”处。“至高智慧”是一个受到克里星人尊敬的人工智能。从卡罗尔的角度看起来象是一位人生导师，但当我们看完整部电影之后，“至高智慧”背后的真相随之被揭穿。

“至高智慧”由漫威大家长斯坦‧李和杰克科比于1967年共同创作，并首次出现在《神奇四侠》漫画第65期，“至高智慧”是克里星的统治者和上帝。是将克里历史中三个最聪明的思维融合而成的一台超级计算机，“至高智慧”帮助克里星开发了属于他们的宇宙魔方(原作漫画的宇宙魔方不是无限宝石，顶多是类似龙珠一样的存在)，在漫画中的“至高智慧”看起来像一个漂浮在空中的绿色大头，而不是漫威电影宇宙中以迈威尔形象产生的虚拟投影。

3.迈威尔

《惊奇队长》与原作漫画中最大的差异在迈威尔。电影中确实保留了漫画中他的克里星在地球的卧底身份与身为卡罗尔的导师。然而电影中的迈威尔与其说是战士不如说更像一名科学家。电影中她的姓名为温蒂·罗森，而不是漫画中的菲利‧劳森，两人的性别也不同，这个角色在被克里人拦截后被甬罗格所杀。

迈威尔首次出现于斯坦‧李和吉因‧科兰于1967年创作的《漫威超级英雄》连载第12期，由甬罗格指派负责监督人类一职。在出于对人类的同情下，他化身为超级英雄“惊奇队长”并且与浩克的好友里克‧琼斯保持着一段时间的联系。但在一次与硝化人的战斗中，他不幸接触到有毒化学物质并导致他患上了癌症末期，最终他在吉姆‧斯塔林创作的漫威小说《惊奇队长之死》中不治身亡。

4.甬罗格

身为《惊奇队长》电影的主要反派，裘德洛饰演的甬罗格是克里星高阶军官和星战部队的指挥官，他亲自带领团队参加战争。且以杀死迈威尔作为任务中的一环。甬罗格还绑架卡罗尔并训练她，原因是他企图得到卡罗尔的神秘力量。并在电影最后与卡罗尔决战。

甬罗格同样首次出现于《漫威超级英雄》连载第12期，甬罗格是迈威尔的上司，他在与迈威尔与军医尤娜形成三角恋情后动用权力将迈威尔送到地球。在甬罗格得知迈威尔与人类之间日益增长的友谊之后曾试图多次杀死迈威尔，只是最后都以失败告终。

5.斯克鲁人

影片中另一个重大转折涉及会变形的外星种族斯克鲁人。与1962年首次在漫画《神奇四侠》连载第2期中登场的同名种族一样，在漫画的设定中，他们是一个通过变形能力进而渗透当地人口进行破坏的邪恶种族。

但在电影中他们这种可怕形象其实是虚构的。他们真正的目的是寻求栖身之处而非征服地球，因此最后卡罗尔与斯克鲁人握手言和，之后所发生的事情大概就是她在《惊奇队长》和《复联3》之间长达23年的故事。