萨满教在蒙古政权建立后进入了黄金时期。毕竟是对成吉思汗的称帝贡献了力量的，因而成吉思汗开始大力扶植萨满教，他先是把各地有影响的蒙古族萨满集中到王宫附近，使宫廷成为宗教的中心，从而使萨满教成为相对集中的有庙宇的宗教。这虽然有助于萨满教的发展壮大，但是，矛盾也在这个时期显露了出来。宗教本来就是为统治阶级服务的，一旦涉及权力这个敏感的问题，相信任何一个统治者都不会轻易放过。

一代天骄成吉思汗

这些为蒙古汗国的建立立下功绩的萨满们有了优厚的福利待遇，巨大的权势给他们带来了幸福的生活。可是，他们的贪欲是永远满足不了的，这些大萨满为了进一步巩固自已的特殊地位和权力，经常向成吉思汗提不合理的要求，这让成吉思汗很是恼怒。就拿建国后成为万户的豁尔赤来说吧，他在自己的封地内整日花天酒地，搜刮民脂民膏，搞得人民生产生活难以维系，因而不断有部族叛乱发生，给远征的蒙古汗国造成了巨大损失。可他依然没有认识到自己错误的严重性，还厚着脸皮向成吉思汗索要30个美女，这下彻底激怒了成吉思汗，被本来就对他极度不满的成吉思汗狠狠地臭骂了一顿，他这才认识到问题的严重性，赶紧上表请罪，而后灰溜溜地闷在家中，再也不敢造次。

一代天骄成吉思汗

拥护成吉思汗登基的大功臣阔阔出也同样不让成吉思汗省心，他由于不满足自己的待遇，居然自持萨满的特殊地位，开始极力扩展个人的势力，对成吉思汗的统治政权形成了极大的威胁，还常常对成吉思汗口出狂言，甚至想要与成吉思汗平起平坐。成吉思汗唯恐阔阔出利用其特殊地位，以“神"的名义煽动叛乱、篡权夺位，赶紧找了个借口杀掉了阔阔出。

一代天骄成吉思汗

通过对这些人事的处理，可以看出成吉思汗清楚地认识到，要想保住自己的帝位，就不能容许任何一个“代天言而受命于人”的萨满来左右自己，否则，一旦萨满为了取得私利而生出异心，那么自己的“君权神授”就会面临易主的危险，与其受人限制还不如先下手为强。于是，成吉思汗便开始逐步削弱萨满在宫廷中的地位，并对萨满进行了一些限制。尽管成吉思汗对萨满教进行了一系列的制约，但毕竟这个宗教由来已久，在人们心目中已经深深扎了根，因此成吉思汗还不能完全摆脱萨满教对政治体制的束缚。随着蒙古铁骑不断东征西讨，向外扩展，成吉思汗的眼界也越来越开阔，接触的宗教派别多了，他逐渐深刻地认识到，不是只有萨满教才能统治人民的的思想，同时，这个古老的宗教也已经不适应去充当驾驭和统治包括本民族在内的庞大的蒙古帝国统辖下的诸多民族的精神武器了。

一代天骄成吉思汗

成吉思汗认识到，自己的子民已经融合了许多的民族，他们拥有各自不同的文化和信仰，要硬是把萨满教普及下去，恐怕除了蒙古族同胞以外，其他种族的人民接受起来还是有很大难度的，与其如此，倒不如吸取其他民族先进的文化，对其他宗教采取“兼容并蓄”的政策。这充分说明了成吉思汗对于宗教统治人民的作用认识很透彻，于是，从成吉思汗到忽必烈时期，几代帝王对佛教、道教、伊斯兰教、基督教等都采取了兼容并蓄的态度，利用各种宗教为他们服务。

一代天骄成吉思汗

为了给蒙古族寻觅一种较为先进的思想控制模武代替原有的萨满教，成吉思汗也曾多方面进行尝试，如与全真道中龙门派创始人丘处机的会晤就是一次大胆的尝试。虽然丘处机向成吉思汗传布道教教理，规劝他爱民慎杀，以为治国安民之道，深得成吉思汗的赏识，并且还传授给成吉思汗一些延年益寿的方法，但这并不是成吉思汗当时所急切期望能在蒙古全民推行的新的信仰形式。所以全真道尽管有了一定的发展，但却并没有开花结果，取代萨满教成为国教。

一代天骄成吉思汗

喇嘛教却在此时迎来了一个好机会。公元1235年，元太宗窝阔台的二儿子阔端身患重病，眼看就要不治身亡了，许多萨满来诊治都没有效果，窝阔台情急之下请来了萨迦喇嘛八思巴。没想到，这位喇嘛妙手回春，手到病除。这件事情在喇嘛教信徒的大力宣传下，马上传到了很多人的耳朵里，人们对喇嘛教开始关注，从此，喇嘛教正式进入蒙古草原。

一代天骄成吉思汗

喇嘛教其实是中国佛教的一个派别， 喇嘛是藏语“上人”、“师傅”的意思。公元7世纪时，西藏王松赞干布在文成公主的影响下信奉了佛教，8世纪时，印度僧人莲花生把印度的密宗传入西藏，与西藏当地的本教结合，于是西藏独有的喇嘛教就这样诞生了。喇嘛数虽然是佛教的一支，可是很多地方却是更符合当地民族文化的需要，因而也更适合新兴蒙古的社会需要。

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