火影忍者虽然已经完结，但至今也依然有人乐在其中的深挖火影的故事，而其中几个尚未揭开的谜题，也一直都是大家津津乐道的话题之一。

　　问题之一，就是早期登场的白究竟是男孩子，还是女孩子？关于这个问题，想必应该困扰了无数的漫迷，大多数的人都认为白这么可爱的角色一定是女孩子，毕竟在与鸣人偶遇的时候，白可是一身十分女性化的打扮，但也有漫迷表示，在二次元的世界里，这么可爱的一定是男孩子。

　　问题之二，被誉为最强火影的三代火影猿飞日斩，是否真的是最强火影？三代火影虽然很厉害，但无论是他的前辈，还是他的后辈，在之后的剧情中表现出来的能力似乎都要强过他，既然如此这个最强火影又是怎么来的呢？

　　问题之三，外道轮回天生之术到底有没有副作用。长门复活木叶众多忍者之后，因为消耗了太多的查克拉导致自己力竭而亡，而宇智波带土复活宇智波斑的时候，却并没有死去。换句话说，轮回天生之术这个禁术，是否会导致施术者死亡的前提，会受到每次复活人数多寡的影响？

　　问题之四，永远烧不死的人的天照，真的是最强的火遁吗？宇智波鼬和宇智波佐助都能施展天照，但这个忍术似乎根本烧不死任何人，除了白绝和神树分裂出来的小兵之外，天照就没杀死过任何忍者。最强火遁，给人的感觉更像是噱头。

　　问题之五，火影忍者有恶人存在吗？大蛇丸洗白上岸、药师兜洗白上岸，宇智波斑在最后一刻发现自己被骗，幡然悔悟。大筒木辉夜一直被誉为最坏的女人，却在博人传中颠覆性的变成了保护地球的人。团藏很坏，但他做的一切都是为了木叶，在火影忍者中似乎没有坏人存在呢。