此前介绍过，1945年4月7日攻击大和编队的近400架美国飞机，有101架直接向大和舰投下了70颗大中型炸弹（多为454公斤炸弹）和57条鱼雷。这还不包括掩护战斗机向大和发射的火箭弹和小型炸弹等等。美军报告有37颗大中型炸弹和39条鱼雷直接命中了大和舰，一举将其击沉。

可是，日本海军《天一号作战海上特攻队战斗详报》却登载了一张示意图，显示大和舰共中10条鱼雷，其中左舷7条、舰尾2条（可能也是左舷）、右舷1条。另外大和舰还中了6颗炸弹。《军舰大和战斗详报（天一号作战）》记载也是左舷中雷9条、右舷中雷1条，合计10条；同时还中了5颗炸弹，炸毁了后部射击指挥所、13号雷达和2号副炮。《军舰大和战斗详报》记载大和于14时17分左舷最后一次中雷后急剧倾斜，14时20分倾斜至20度；14时23分前后炮塔爆炸沉没。美军也在空中拍到大和爆炸时的巨大烟柱。

第二次世界大战结束后，美国人召集日本海军人员调查大和的沉没原因，核对美日双方记录后，得出结论是：肯定命中9条（左舷7条、右舷2条）；很可能命中1条（左舷）；可能命中2条。合计12条。受损经过为：第一波攻击肯定命中2条、可能命中1条，造成大和舰左倾5-6度，但经过反向注水后恢复到1度；第二波攻击肯定命中4条（左舷3条、右舷1条）、很可能命中1条，造成大和左倾斜16度，经过反向注水后恢复到5度；第三波攻击肯定命中3条（左舷2条、右舷1条），可能命中1条。造成大和舰左倾斜16度且倾斜角不断增大，终于在20-30分钟后倾覆沉没。美军的调查还确认：大和舰的沉没“毫无疑问”是鱼雷所致，因为弹药库爆炸是在船体倾覆之后才发生。

可是，大和舰弹药库的爆炸原因却无法确定。大和舰副炮术长清水向美国人提出了一种假设：可能是二号副炮被炸弹炸毁后，大火蔓延到了弹药库——主炮弹药库和副炮弹药库是相连的。可是，大和副长（也曾担任大和的炮术长）能村却否定了这种看法。能村是大和舰幸存下来的最高级军官，他称大和的三座主炮塔都爆炸了（战斗详报也记载前后炮塔都爆炸了）。而如果是二号副炮诱爆，最多只能影响到三号主炮弹药库。能村向美国人提出另一种假设：大和舰携带了很多防空用的三式爆破弹。当船体急剧倾斜时，这些炮弹撞击在舱壁而引发了爆炸。可是，美国海军火药专家却认为三式爆破弹引信安全，对能村的观点持否定态度。

不过，三式弹未必如美国人想象那么安全。早在1944年，大和同型舰武藏《捷一号作战战斗详报》就有明确记载：“一号主炮塔中炮（三门炮中间一门炮）三式弹自爆为使用不能”。这证明大和被击沉前，三式弹就有“自爆”前科。武藏被美军的鱼雷攻击击沉，受损主炮也随之沉没，对“自爆”原因就没法调查了。

1999年，日本朝日电视台对大和进行水下考察，发现如下情况：最惨烈的爆炸，发生在一号主炮和二号主炮（位于船体前部），造成船体断裂；三号主炮（位于船体后部，与起火燃烧的二号副炮相连）也爆炸了，但没那么剧烈。这证明能村副长“三座主炮都爆炸”的回忆正确。一号和二号主炮的弹药库与起火燃烧的二号副炮相距很远，还隔着巨大动力舱，不可能被二号副炮诱爆。2016年，美国人探险家发现了武藏残骸并拍下超过100多小时影像。分析结果是：武藏也在水下发生爆发（战斗详报记载武藏倾覆时连续两次爆炸）。可是根据战斗报告和沉没时的照片，武藏的主副炮都没有起火燃烧。

综上所述，大和与武藏倾覆沉没时都发生了主炮弹药库爆炸，且主因都不是外部打击。发生内爆的最大可能，还是能村的“三式弹自爆说”。