当时在军中的地位很高，相当于国防部副部长和副总参谋长，连蒋介石也不相信吴石是共产党的情报人员。参谋总长周至柔因此指示保密局再进一步取证。蔡孝乾则在吴石被捕前一天第二次被捕，一周后叛变，供出朱枫和吴石的身份和关系。这才确认吴石为共产党提供情报的罪名，由蒋介石委任特别军事法庭审结，判死刑，立即执行。

朱枫由于是华东局的交通员，所以1951年牺牲不久，就由万景光保举，被追认为革命烈士。儿女也得到革命烈士家属的待遇。

与朱枫等同时被国民党处决的烈士们不同，吴石的革命烈士身份一直没能得到华东局的确认；直至1973年，通过何遂将军的后人写信给周恩来申诉；周恩来看信后，会同当年中央军委主管何遂、吴石两位将军单线联系的叶剑英元帅，力排众议，报请毛泽东批准，最后追认吴石将军为革命烈士；吴石的后人，大儿子吴韶成和女儿吴兰成才得以解脱困境。

历史文件中“力排众议”四字可圈可点，证明当时还有个别人企图掩盖事实。但这些人已经不能一手遮天了，所以周恩来得以采纳罗青长的建议，追认吴石将军为“革命烈士”。

吴韶成在接受凤凰卫视中文台《冷暖人生》栏目陈晓楠访谈时，回忆说，父亲在离开大陆赴台湾时，曾留给他一张纸条，写着：“有困难，找何康”。

何康是何遂将军的三儿子。是中共地下党员，在上海工作。而何遂将军当时已在台湾，与自己的二儿子何世平一家潜伏台湾做高层情报工作。吴石将军是自告奋勇，代替何遂将军留在台湾从事情报工作，为解放台湾，统一全中国做贡献的。

吴石将军的噩耗传来，当时已任华东军政委员会司法部部长的何遂将军认为吴石是替自己去牺牲，因此据理力争吴石身后的待遇，聊以慰忠魂。

但华东局有关部门负责人对吴石的冷漠态度，令何遂将军感到不解，以致爆发严重的心脏病，出院后以身体欠佳为由，辞去司法部长职务，后任全国人大法案委员会委员。

吴石有一子一女留在大陆，长子吴韶成毕业于南京大学经济系，高级经济师，是河南省冶金建材厅总经济师，河南省第六、七届人大代表。长女吴兰成毕业于上海第一医学院，是中国中医科学院研究员，享受政府特殊津贴的专家，北京市第六、七、八届政协委员，还是北京市“五一”劳动奖章获得者。他们长期承受外界的误解甚至迫害。

文化大革命中的1972年，吴韶成写信向中央申诉。在周恩来、叶剑英的直接干预下，1973年吴石将军被追认为革命烈士。

吴石夫人王碧奎女士当年也牵连入狱，吴石牺牲后，经故旧多方营救才被释放，独自含辛茹苦抚养尚幼的一子一女，直到1980年5月才得以移居美国洛杉矶。翌年冬，在有关部门的安排下，吴韶成、吴兰成赴美探亲，分离近40年后骨肉终获团聚。韶成兄妹带回其父在狱中秘密书写于画册背面的绝笔书。这是吴石留下的最后的笔墨。

1991年12月10日，长期在周恩来总理身边负责国家安全工作的罗青长（国务院原副秘书长），在接见韶成、兰成兄妹时说：“我们对你们父亲的事一直念念不忘，我当时是当事人之一。1972年接到你（指韶成）在‘文化大革命’期间蒙受不白之冤的申诉报告，周总理、叶帅都亲自过目并作了批示，派人去河南专门处理此案，落实政策。确实是很不容易的。总理弥留之际，还不忘这些旧友，专门找我作过交代。你们父亲为了人民解放事业和祖国统一，作过很大贡献，这有利于加速军事进程，避免重大伤亡。最终他献出生命，我们是不会忘记的。”

罗青长为吴石烈士纪念册的题词是：要知松高洁，待到雪化时。

但是令人遗憾的是：1994年安放吴石遗骨的碑文（碑文经罗青长同志审定，由吴石将军生前秘书郑葆生题写），中并未明言其彪炳中共情报事业的功绩。

碑文曰：“吴石，字虞薰，号湛然，一八九四年生于福建闽侯螺洲，早年参加北伐学生军，和议告成乃从入伍生、而预备学校、而保定学校、嗣更留学日本炮兵学校与陆军大学。才学渊博，文武兼通，任事忠慎勤清，爱国爱民，两袖清风，慈善助人。于抗战期间运筹帷幄，卓著功勋。胜利后反对内战，致力全国解放及统一大业，功垂千秋。台国防部参谋次长任内于一九五零年六月十日被害于台北，时年五十六岁。临刑遗书儿辈，谨守清廉勤俭家风，树立民族正气，大义凛然。一九七五年人民政府追赠革命烈士。夫人王碧奎一九九三年二月九日日逝于美国，享年九十岁，同葬于此。”

吴石是一位怀才不遇的中华精英，他如果死心塌地跟着国民党蒋介石集团，在台湾仍可以过着高官厚禄的优逸生活；他如果听从吴仲禧的劝告，留在大陆，不去台湾，以他对革命的贡献，人民政府自然也会厚待他。

他弃暗投明，在国民党政权垂死挣扎的时候，冒着生命危险，赴汤蹈火，毅然去台湾，想为解放台湾，实现祖国的统一做出更大的贡献，最后坚贞不屈，牺牲了自己的宝贵生命——这种向往光明的爱国主义精神，实在可嘉。

天意茫茫未可窥，悠悠世事更难知。平生殚力唯忠善，如此收场亦太悲。

五十七年一梦中，声名志业总成空。凭将一掬丹心在，泉下差堪对我翁。