公元1631年，后金政权的第2位大汗，清朝的第一位皇帝——皇太极的两次西征之后，漠南蒙古诸部先后归顺了清朝。包括如今内蒙古大部地区的漠南蒙古，无论人口还是面积，都丝毫不次于清朝所在的东北地区。

粉丝为清军入关前清朝疆域

如何统治面积如此广袤的漠南蒙古，就成为摆在清朝统治者面前的头等大事。女真人在努尔哈赤的率领下，能在白山黑水之间崛起并不断击败明朝的军队，除了女真人的尚武和悍不畏死之外，也与女真人始终坚持骑射，拥有战马这一冷兵器时代的bug有极大关系。因为，明军绝大多数部队都是步兵，机动能力比之骑马的八旗相差甚远。因此，明军面对八旗，往往只有招架之功而无还手之力。

但是，号称骑射起家的八旗，面对在马背上长大的蒙古诸部，其骑兵的优势不但荡然无存，反而居于劣势。因为，渔猎民族的女真人，比之自幼骑羊、长大骑马的游牧民族，显然无法相媲美。比之蒙古骑兵，女真八旗也只能被称之为骑马步兵。

蒙古铁骑

因此，从皇太极开始，历任清朝统治者都深知蒙古诸部对于清朝的重要性。牢牢的控制蒙古诸部，就成为清朝统治者最核心的任务之一。但是，由于游牧民族的生活习性，如何对居无定所、逐草而居的蒙古诸部进行有效统治，就成为清廷的一大难题。

公元1631年7月，皇太极仿照明朝中央组织机构，设置了6部：即吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部。并在6部的每一部中，都设立了蒙古承政一职，专门负责处理与蒙古有关的政务。

但是，随着清朝对蒙古诸部统治的加深，再加上不断有蒙古部落归顺清朝，清廷统治下的蒙古部落和疆域面积愈发庞大。清廷6部中的蒙古承政，已经无法处理越来越多的蒙古事务。因此，7年之后，公元1638年6月，皇太极将蒙古承政改为了理藩院。博洛担任了理藩院承政，塞冷和尼堪分别为左右参政。

皇太极

随后，随着清朝势力的不断壮大，理藩院也不断的进行组织机构调整和升级，例如，顺治继位的顺治元年，也就是清军入关的那一年，理藩院承政被改为尚书，参政为侍郎，同时扩大了组织机构和人员。康熙初年，又将理藩院升级为与中央6部同等的地位，同时，在理藩院内部设置的录勋、柔远、宾客、理刑四司。乾隆年间，又增设了涞远一司。

到乾隆年间，理藩院的组织机构趋于完善和固定。当时，理藩院设有了旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑六个司，满汉档房、当月处、司务厅、蒙古房、内外馆、银库等机构。六个司主要负责承办者关于蒙古的各项事务，例如，旗籍司负责内外扎萨克的疆理、封爵、会盟、谱系、军旅邮传等等。

八旗

不过，理藩院终究只是设立在北京的中央统治机构而已，如何将面积广阔，人口分散的蒙古诸部进行有效统治，才是最为关键的问题。

清朝对于蒙古的征服并非一蹴而就，而是一步步进行的。最初，在努尔哈赤时代，在努尔哈赤统一女真各部的同时，他也十分重视与邻近蒙古诸部的关系，因此，在展示肌肉，炫耀武力的同时，努尔哈赤不断的通过联姻等诸多手段，交好拉拢漠南蒙古各部。

到皇太极时代，通过一系列改革和对外战争，清朝国势有了巨大发展之后，皇太极多次西征蒙古，消灭了对女真各部最为敌视，也是威胁最大的蒙古末代大汗——察哈尔部的林丹汗，八旗的兵锋甚至一度打到河套流域，将大部漠南蒙古招致麾下。尚未入关之前的清朝国力，因此有了巨大的提升。

入关后的清朝疆域

清军入关奇迹般占领天下之后，位于西域的卫拉特蒙古4部之一的准噶尔部，在首领葛尔丹的率领下迅速崛起，葛尔丹统一了卫拉特蒙古诸部，建立了强盛一时的准噶尔汗国。葛尔丹的梦想是统一蒙古各部，再现成吉思汗蒙古帝国的荣耀。这在以中华继承者自居的清朝看来，自然是大逆不道的，当然也完全不能容忍。因此，准噶尔蒙古崛起之后，双方的矛盾根本不可调和。

由此，清朝与准噶尔部开始了长达70年的战争，最终，历经康熙、雍正、乾隆三朝，清朝终于笑到了最后，消灭了准噶尔汗国，将西域、漠北等地纳入了清朝的统治范围。同样在乾隆年间，远在伏尔加河流域的土尔扈特部，在首领渥巴锡的率领下东归中国，至此，绝大部分蒙古诸部处于了清朝的统治之下。

但是，分布于东北、蒙古高原、漠南、西北、青藏高原等广阔地区的蒙古诸部，如何进行有效统治，而不重蹈清朝之前大多数中原王朝的覆辙？通过对于蒙古诸部的逐步统治，清朝逐渐摸索了一套属于自己的方法。

清朝鼎盛时期疆域

尚未入关之前，与清朝统治疆域相邻的科尔沁、敖汉、内喀尔喀五部等多之蒙古部落先后归顺了清朝。皇太极在接受了这些蒙古部落的归顺以后，召集了这些蒙古部落贵族召开了贝勒会议。在会议上，皇太极给蒙古各部划分了牧地疆域，并分配了丁户，同时规定，各民户不得越界游牧。

在蒙古衙门成立之后，皇太极又派遣了蒙古衙门承政尼堪等人，前往归顺的蒙古逐步进行稽查户口，并编制牛录，建旗。经过多次稽查，理清蒙古诸部的分布数量之后，清朝在蒙古诸部游牧之地，本着“众建而分其力”的目的，在蒙古各部，编旗、设盟、分佐领、授札萨克。这也是蒙古地区盟旗制度之始。

旗和盟并不是蒙古族不的传统，而是清廷为了方便对于蒙古地区的统治，新创造的体制。为了牢牢的控制着这些桀骜不驯的游牧民族，征服蒙古诸部之后，清朝废除了蒙古自古以来的传统体制和隶属关系，建立了独属于清朝统治蒙古的基本机构——旗。

八旗旗帜

犹如八旗之中分为八旗蒙古、八旗满洲、八旗汉军一样，蒙古的旗也有扎萨克旗，喇叭旗、总管旗之分。扎萨克旗是数量最多的，同时也是分布最广的，扎萨克旗既是清廷在蒙古地区设置的行政军事单位，也是清朝皇帝赐予蒙古王公们的世袭领地。

清朝在庞大的蒙古疆域，分为了内属蒙古和外藩蒙古两部分。外藩蒙古，又分为了外扎萨克蒙古和内扎萨克蒙古两种。在清朝的设置中，位于内蒙古的49旗为内札萨克蒙古。外札萨克蒙古则为喀尔喀蒙古86旗，新疆伊犁将军管辖的13旗，青海29旗，科布多19旗，以及阿拉善旗，额济纳旗。

内外扎萨克除了地域的不同，主要的区别在于，内扎萨克在清中期之前，是有兵权的，并直属于理藩院。而外札萨克并没有兵权，并受到清廷派驻当地的将军、办事大臣或参赞大臣节制。

札萨克印

清廷在蒙古地区设立的盟旗制度，极为重要的一个特点，是禁止蒙古各部越界往来。将蒙古地区纳入统治范围之后，清朝派驻大臣严格的划定了各旗之间的旗界，并颁布了极为严厉的法令，禁止各部落之间越界游牧，更不允许旗与旗之间随意往来。

例如，清廷曾明确规定，蒙古各部如果违反规定越界往来，即便是王公贵族，也需要罚俸一年。蒙古人和喇嘛出境必须要向管旗章京报明情况。即便是理由充分，对于入关的人员数量，都进行了明确和严格的规定。

通过这样极为严格的封禁政策，再加上联姻修庙，大力推广藏传佛、教鼓励蒙古牧民出家当喇嘛等诸多政策，使得清廷在灭亡准噶尔汗国之后，一直牢牢控制着蒙古地区。清朝也成为中国数千年历史中，少数几个真正消除北方游牧民族对于中原地区危害的王朝。