贵州医科大学和遵义医科大学都是贵州省内知名高校，尤其是医学领域中，两所学校都非常知名，但是两所学校发展并不相同。贵州医科大学创办于1938年；而遵义医科大学则创办于1947年，相对来讲贵州医科大学建校更早一些，而且贵州医科大学是土生土长本地高校，相对发展也要更快一些。

贵州医科大学建国前成立，但是建国后也基本一直在教研之中，救死扶伤一直在持续，没有因运动而改变，为贵州培养了大批医疗人才。贵州医科大学在寄生、解剖、内科、生物医学方面，相对来讲实力较强，这些都是贵州医科大学早期就已经打下的基础，而多年一直坚持这方面的教研，所以整体办学能力较强。2009年拿下基础医学博后站之后，贵州医科大学就已经形成本、硕、博多层次教研体系，自身实力大大提高。

贵州医科大学最大的本地化特色在于“苗药”的教研。苗族在与疾病害作斗争中，积累了诸多医疗经验，他们在用药方面，有许多独到见解，实践经验丰富，是中华传统医学的一部分，这也是贵州医科大学在药学方面实力突出的重要原因之一。另外贵州医科大学在丝虫病防治、蚤类学、吸血昆虫分类学、地方常见病病理学等方面实力较强，所以他的基础医学一直是校内优势所在。

整体来看，贵州医科大学的综合实力要胜过遵义医科大学一些。这主要是因为贵州医科大学规模更大，相对来讲附属医院更多，而且相关学科建设方面也要比遵义医科大学更强一些。另外贵州医科大学获得政策和资金扶持力度也要更大一些，所以实力更强也是在所难免的事情。