孫悟空從靈石中出世以後，日日與花果山的猴子們生活在一起。聽聞山中猴子提起長生不老之術，孫悟空便撐着一排竹筏漂洋過海，用了十多年的時間纔來到了靈臺方寸山。到了靈臺方寸山腳下，孫悟空遇見了一個砍柴的樵夫，便向他打聽了神仙的居處。樵夫向他指明瞭方向，孫悟空終於尋得了斜月三星洞，拜見了菩提祖師。菩提祖師見是一個無名無姓、無父無母的頑猴，賜了姓名，並收爲了徒弟。

可菩提老祖並沒有親自傳授他長生不老之術，而是讓孫悟空學一些簡單的變化和法術，閒時就讓孫悟空挑水砍柴，磨練心性。可孫悟空到底是來求長生不老之術。在一天夜深之時，他跑去菩提老祖的住處，向他苦求傳授。於是，菩提老祖將七十二般變化、筋斗雲等全都傳授於他。在孫悟空學成之後，菩提老祖即刻要驅趕孫悟空。原是那菩提老祖自知孫悟空在靈臺方寸山的造化至此，其他歷練還需要孫悟空前去他處。

在孫悟空與師父拜別之時，菩提老祖千般囑咐孫悟空絕不可提及他的名字，更不可說自己的一身法術是從他那兒學來的。如若孫悟空違背誓言，即便是追到天涯海角，菩提老祖也要將其法術奪去，甚至是挫骨揚灰。孫悟空聽聞此言，無奈之下只得悻悻離開。後來孫悟空大鬧天宮，在八卦爐中被燒，這個時候孫悟空要是被燒死，菩提會爲他報仇嗎？

菩提老祖的西遊記中的出現次數僅是開頭一次。在孫悟空三打白骨精被唐三藏趕走時，孫悟空曾跑去靈臺方寸山。只見過去的道觀，已成了被棄用的廢宅。菩提老祖是世外高人，在孫悟空學習法術之時，多番以儒釋道三家學問來教化徒弟，可見其非同一般的身份。倘若孫悟空仗着菩提老祖的身份，極有可能會變得更加肆無忌憚，在大鬧天宮之時也沒有多少仙家敢於對他進行阻攔。

孫悟空被太上老君捉入煉丹的八卦爐中，用三昧真火加以煅燒。菩提老祖卻並沒有現身予以相救。其實這個中緣由在孫悟空遇見樵夫時，便已經道明瞭。樵夫曾大致這樣言語：“那祖師無所不能，可謂自成一家。徒弟衆多，卻從不過問凡事。”可見靈臺方寸山之外的事情，祖師絕不過問。即便孫悟空真被八卦爐燒死，那也是他的造化，菩提祖師未必因此與天界爲敵。