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名侦探柯南：绝海的侦探，新兰同心找间谍，网友：有意思

在烟雾朦胧的京都，一起有关国家大事的国家安全的大事即将发生，一艘疑似装载爆炸物的，可疑船只靠近港湾，通过对船上相关数据和零件考察，科学家们判断船很有可能来自于海外。消息一出立刻引起日本上下全部人都恐慌。名侦探柯南：绝海的侦探，新兰同心找间谍，网友：有意思

在同一天，毛利小五郎以及少年侦探团等人一同观摩海上自卫队组织对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰与全国各地相聚而来一起的孩子们，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰，带来的巨大魄力所震撼，谁知道演习途中突然发生意外，舰艇检测到未知型号，未知国籍的不明目标，让原本平静的操作室立刻紧张起来。

无论信号如何识别，都得不到对方舰船的回应，且还急速接近柯南他们这艘舰船，为了看清对方舰船，发射了反潜闪光鱼雷。原来只是虚惊一场，并不是什么潜水艇，只是某个遇难的渔船而已，这也太不靠谱了吧，之后自卫队队员，发现了一个不知道是谁的左臂，但是从衣着来判断是自卫队队员的手臂，而根据手表和袖章推测出这只手臂是一位组长的，手表停在了凌晨5点半，而另一边在附近的造船厂发现了失去了左臂的死者，不用问，肯定就是他了。接二连三的异常事件，迫使大阪府警察乘坐直升机赶来，与京都当地的警察协同展开调查。

手机上提示的通话记录也是5点半左右，并且警方对尸体调查的死亡时间也在4点到6点，那么在死者死的时候还在这艘船上，这是柯南看到可疑的女性自卫队员齐海，他趁着众人调查的期间流进哪间找是找着一些资料，等他走了以后，柯南也在电脑上拷贝了一份他要的资料，随后这位可疑的女队员被抓住了，他也承认他的他是搜查代号为x的间谍。

而另一边柯南将之前获取的资料传给了阿笠博士，发现这份资料是宙斯盾的数据资料，而柯南推断之前演习突然出现的遇难船，可能就是间谍故意设置的一次调虎离山，引开舰长再去偷取情报，而这个人极有可能就是当时不在现场的那个人，于是她找到那个号称是勇气的父亲的那个人，指出他的破绽，说他就是那个间谍x但是一旁的勇气却阻止了河南原来x威胁勇气，如果不乖乖听话就要杀掉他的父亲，很快勇气这个小孩子又被夺走了，小兰正好目击了勇气被夺走的场景，跑去拦截和x扭打在一起，却不小心被绳子绊倒。

柯南将所有线索连在一起，其实x并不是杀掉死者的凶手，他们发现手机其实是个伪证，只是被人放在船上，故意造成他在船上的假象，真正的凶手其实是自卫队的沧田，证据就是在泄露给间谍声音是有金属的声音，那其实是警棍和手铐相互碰撞的时候，原来他不是有意杀害死者的，他在巡逻的时候发现了，发现了正在出出卖的死者，最后沧田认罪了。

可是园子和小孩们却跑来说小兰不见了，另一边x也说出了他将小兰扔进海里的事实，这时柯南他们紧急调头试图去营救小兰，如此大的大海怎么去寻找自卫队，调来一架飞机搜寻，随着时间的流逝，时间越久小兰生还性就越低，柯南想到了小兰带的是电波表，可以从舰艇发射出来的电波定位到小兰，检测到了小兰的位置，并且用直升机将他救了上来，事情也就结束了。