吴三桂三藩之乱失败后，康熙将吴三桂全家满门抄斩，连康熙的姑姑建宁公主与吴三桂之子吴应熊所生的儿子也全部处死。但还有一条漏网之鱼吴三桂的幼子吴启华。近年来，有一个爆炸性的消息，说是吴应麒（应期）在昆明城破后逃走，携带吴三桂遗体和陈圆圆，隐居贵州省岑巩县水尾镇马家寨。但史书记载吴应麒早在吴家内斗中被郭壮图处死。

康熙虽然年少，倒也沉着镇定，深谋远虑，在挺过叛军最初凶猛的攻势后，他改变策略，集中兵力进攻湖南，对其他地方则采用分化、收买、瓦解之策，逐步扭转了不利局面。不久，耿精忠、尚之信兵败投降，被诛杀。之后，西北察哈尔蒙古之乱被平定 ，康熙遂得以从容迎敌，他任命图海、赖塔、杰书（康亲王）、岳乐以及汉将赵良栋、蔡毓荣等能征善战之人攻伐湖南吴军，战局开始发生转折。

当然清人知道吴三桂怎么想的。在后来的清军向南进攻之时整个中原，也只让吴三桂去清理大顺政权，而不让其去碰南明政权，就在李自成的大顺政权被完全剿灭之后。吴三桂，又面临一个处境，那就是在南明和清朝之间做一个选择，吴三桂又一次选择了清朝。之后他一马平川，以爱妾圆圆作为精神支柱，平李闯、定云南、驱永历，为大清统一中国立下赫赫战功，成就一代开府建藩，拥兵一方的平西王。

传说吴三桂之子吴应麒并未被清军所杀，他之所以销声匿迹，是因为受命护送陈圆圆等人逃到云贵交界地带，最终到贵州省岑巩县安身隐藏，度过一生。