在整个明清阶段，广东都是一个非常特别的省份。一方面，这里的富庶程度远远超过国内许多城市，另一面却是当地的海上私人贸易盛行与朝廷闭关锁国的政策产生冲撞，于是朝廷常有“多盗之地”的偏见。

天高皇帝远，又是一个如此复杂的地区，清朝对广东的重视，在官职设立上可见一斑。

清朝沿袭明代制度，在各省设巡抚，巡抚以上设总督。对于大部分省份而言，常由总督兼任驻地巡抚的职务。如闽浙总督驻地福州，会兼任福建巡抚的职务。但是广东却不同。

顺治年间，朝廷原是让两广总督兼任广东巡抚的职务，但后来考虑到当地情况特殊，便重新设立广东巡抚职务，驻地广州。而两广总督的驻地在不断搬迁调整，从梧州、廉州、肇庆，最后确认广州，与广东巡抚同驻一城。

从官阶而言，巡抚为从二品，总督为正二品，后来陆续各有兼职，但总督官阶仍高过巡抚。

如果从一点来说，总督权力似乎天然大于巡抚，但在实际运行中，往往没有那么简单。这需要追述总督与巡抚设立之初的目的有关。总督与巡抚原本都不属于地方官行列，而是由朝廷委派高级京官到地方负责某项专属任务。

一般而言，由总督负责军务，巡抚负责民事。因为军务打仗往往波及数个省份，需要由权限足够高的官员在几个省份中协调，所以才有总督。

换句话来说，广东巡抚与两广总督虽然同驻广州，但所负责的事务，仍有一定的分工。对于军务，总督更有发言权。对于政务吏治，往往会更偏向于巡抚。

这种只是大致的划分，对于总督、巡抚这样的高级官员而言，他们之间的权力大小，主要取决于皇帝的信任和彼此的手腕较量。

尤其是康熙后期开始推行的“秘密奏折”制度，更是赋予巡抚直接扳倒总督的可能。通过密折制度，皇帝允许四品以上官员给自己单独写奏折汇报，并且整个过程都是保密的，旁人无法知晓。对于官员而言，意味着他们周围都是可能举报自己的同僚。皇帝正是借助这项制度，让官员之间互相制约，提高自己的权力。

而清朝令广东巡抚和两广总督同驻一城，本就有让他们互相制约的含义。以至于光绪年间，朝廷商议裁撤广州巡抚时，便有大臣指出，裁撤广东巡抚会让两广总督事务骤赠，也削弱制约两广总督的效果。

当然这种变化也并非忽然产生，而是不断演变的。清朝初期，常有两广总督和广州巡抚通力合作的例子。

例如康熙二十年上任的广东巡抚李士桢与两广总督吴兴祚就是一个很好的例子。当时广东刚刚经历三藩之乱，战乱之后，民生凋敝，百业待兴，李士桢便提出了“厉官方、革火耗、禁私派、汰冗役、省差扰”等一系列整顿吏治，恢复民生的措施，而吴兴祚也积极配合，并提出了禁止迁海、整顿吏治、恢复民生、整修武备等主张。

在他们的配合下，广东很快从战乱在局面中恢复起来。这样的例子，在清朝前期的广东是比较常见的。

在这种局面下，两广总督和广东巡抚之间，就很难说是谁的权力更大或更小，而是一种彼此迁就的关系。

但是到了清朝中后期，随着朝廷制约制度更加完善，督抚之间都有直接扳倒对方的利器后，双方互相攻讦拆台的情况愈加激烈。

如嘉庆年间，时任两广总督那彦成攻击广东巡抚百龄，致使百龄下台，但是接任百龄的孙玉庭又向皇帝上奏折，将那彦成逼到被罢免。可是颇有戏剧性的地方在于，百龄被重新升迁两广总督后，却大肆弹劾孙玉庭，将这位广东巡抚赶下台。

出现这种情况，并非只是广东巡抚与两广总督的私人恩怨，而是制度使然，将他们摆在了彼此的对立面。

如此混乱的局面，虽然达到了朝廷所希望的制约效果，实际上也让地方政务陷入混乱，官场风气也常因为地方长官的内斗而陷入混乱。由于地方制约制度的日渐完善，到了清朝后期，广东巡抚和两广总督互相内斗的情况就越来越常见，双方的权力高低更加取决于彼此的手腕和皇帝的信任程度，而非官阶地位。

直到光绪年间，朝廷终于决议，裁撤广东巡抚。至此，广州巡抚与两广总督之间纠葛的关系，才告一段落。

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