在洪荒时期，天地初开，三足金乌太一奉鸿钧道祖法旨去平定混乱的世界，是为“治世”，太一和哥哥帝俊率领族人征战四方，最终降服了大部分的洪荒异种，并命名为妖族；而且还建立了天庭，自封为东皇，他的哥哥帝俊则自封为天帝，洪荒万族皆在天庭统治之下，天庭的辉煌与权威笼罩洪荒。

但东皇太一的任务并没有完成，为何？因为地界还有以巫族为首的强大势力并不服从天庭的管辖，所以东皇太一一直无法成为天道圣人，这让东皇太一很是头疼。说来这巫族也不是泛泛之辈，因为他们是盘古大神的精血融合浊气所化，肉体无比强大；而且巫族的十二位首领更有诡异莫测的神通之术，整体实力丝毫不弱于天庭。

洪荒以实力为尊，妖族建立天庭，统治天界，巫族统御地界；虽然双方因为各自的顾忌而克制着，但这不是东皇太一所希望看到的，也不是天道所希望看到的。巫族好斗，而且内部并不团结，尤其是在完全占据地界后，内部矛盾开始激化，尤其是火之祖巫祝融和水之祖巫共工，简直就是天生的仇敌，最终双方爆发大战，共工不敌祝融后自爆而亡。

其实祝融从未想过杀死共工，只不过是想压共工一头而已，见共工自爆后，祝融懊悔之下以头撞不周山而亡；十二祖巫一下就去掉了两位，这让东皇太一大喜，虽然他不惧祖巫，但十二祖巫可组成完美的十二度天神煞大阵，威力与盘古大神肉身相当，这也是东皇太一一直不敢向巫族发动征服战争的关键原因，这下死了两个祖巫，十二度天神煞大阵就无法组成。

于是，东皇太一开始策划如何征服巫族，但巫族在死了两位祖巫后，一直隐忍，东皇太一虽然想开战，但却被之前自己所定下的天规所束缚，不能随意发动战争；所以他不断派部下去挑衅巫族，直至他的十个侄儿被大巫后羿射杀九位后，终于有借口开战了。而巫族被欺辱了这么多年，本就火爆的脾气更加忍不住了，于是双方爆发了战争。

此战不仅是巫族和妖族的战争，更是天界和地界的战争，战事之惨烈自是不必多说，无数生灵化为灰烬，无数亡魂飘荡在天地间，天地间皆是血红的一片，随处可谓冤魂的哀嚎，初开的天地仿若末世。最终，巫族在天道的暗助下还是攻上了天庭，最终的决战爆发，东皇太一靠无上法力加先天至宝混沌钟，力斩八位祖巫，这八位祖巫分别是帝江、句芒、蓐收、强良、烛九阴、天吴、翕兹以及奢比尸。

而妖族这边的天帝帝俊、妖圣伏羲先后也被杀，而妖师混鹏则当了叛徒，偷走帝俊的河图洛书消失了；东皇太一虽然强大，但经历了这么一番惨烈的大战，自身也差不多是油尽灯枯，混沌钟都无法使用了；而就在东皇太一最虚弱的那一刹那，巫族中最强大的玄冥以决死之心奔向东皇太一，在接近东皇太一的那一刻自爆了，失去混沌钟保护的东皇太一瞬间就被无比强横的力量化为灰烬。

在东皇太一被杀后，天庭众妖纷纷逃走，而巫族虽然好战，但也是无力追赶，何况妖族还有女娲娘娘这尊妖皇没有参战，不是女娲娘娘不想，而是因为她成为天道圣人之后，受天道约束，不能参与这场巫妖大战，但她也是决计不能看到妖族被彻底灭族的。此时的巫族还有一位祖巫，那就是后土，按理说，此时的巫族应该是能取代妖族，成为天地两界主宰的。

但后土却没有带领巫族成为天地主宰，而是向天道发下大宏愿，自愿化身轮回，让天地亡魂能重新转世；天道感应后土之诚，特地在天地两界之外再开一界，是为冥界，让亡魂有暂居之所，让后土居于冥界中央，化为六道轮回。巫族在失去祖巫后，实力大减，而原本妖族的附庸人族却得天道气运加持，强势崛起，是为人道当兴，至此，巫妖大战彻底画下句号。