SomamiR：腫瘤細胞miRNA突變位點專用數據庫
原標題：SomamiR：腫瘤細胞miRNA突變位點專用數據庫
SomamiR是microRNA（miRNA）及其靶點中癌症體細胞突變的數據庫，集成了多種類型的數據，用於研究體細胞和種系突變對癌症中miRNA功能的影響。數據庫還提供了存在miRNA靶序列體細胞突變與腫瘤相關的基因及其參與的通路。這些突變可能改變miRNA與競爭性內源RNA（ceRNA）之間的相互作用，包括mRNA，環狀RNA（circRNA）和長非編碼RNA（lncRNA），它還爲這些體細胞突變的功能分析提供了一個集成平臺。
SomamiR DB在miRNA或與癌症密切相關的靶位點中包含體細胞和種系突變的集合。具體而言，這些突變中的大多數符合以下標準（a）與GWAS或CGAS中的癌症風險相關；（b）有實驗證據表明該突變改變了miRNA的功能。通過點擊將miRNA相關多態性與癌症或癌症相關聯的實驗證據，可以瀏覽符合這些條件的miRNA及其靶位點的突變。實驗證據分別將miRNA中的多態性與癌症聯繫起來。
SomamiR
http://compbio.uthsc.edu/SomamiR/home.php
SomamiR DB包含體細胞突變，可改變mRNA，lncRNA和circRNA中的miRNA序列和miRNA靶位。我們通過將它們與大量GWAS，CGAS，KEGG途徑相關聯來註釋這些體細胞突變。集成了新開發的Web服務器miR2GO，用於功能分析miRNA種子中的體細胞突變。如上圖所示，我們可以從六個模塊認識、使用這個數據。
Somatic mutations in miRNA sequence
查看miRNA序列中的體細胞突變
我們可以在中間框框這裏滑動待選的癌種類型，提交後可以看到下面表格中進行更新，可以看到對於的microRNA ID對於的突變和突變ID、位置、數目、樣品名稱、癌症類型（組織位置）還有 miR2GO對體細胞突變的功能分析。點擊藍色類型的字，可以跳轉相關鏈接。這個數據表也是可以下載的。
單擊最後一列中的鏈接會將miRNA突變數據發送到miR2GO以進行功能分析。顯示註釋和顯示功能效果，miR2GO最近發佈的基於Web的用於對microRNA進行比較功能分析的工具。miR2GO使用默認參數設置運行，以0到1的連續比例對種子突變進行評分，以量化目標基因集中的豐富基因本體術語中的語義變化。較低的得分值表示較高的功能影響，反之亦然。
Somatic mutations in experimentally identified miRNA target sites:CLASA
實驗確定的miRNA目標位點的體細胞突變：CLASH
CLASH是一種用於RNA-RNA相互作用的高通量作圖的新開發技術，最近已用於直接觀察與人AGO1相關的miRNA-RNA靶對。CLASH提供了miRNA和靶位點序列的嵌合讀物，顯示了來自CLASH數據的miRNA靶位點的體細胞突變。因此可以直接識別靶向miRNA，並可以改進非常規靶向的測定，CLASH數據集包含399種不同miRNA的高可信規範和非規範靶位點。
功能區內容如下：
網站用了COSMIC Cancer Browser中的分層分類系統定義癌症類型。該分類系統具有四個級別：組織選擇，亞組織選擇，組織學選擇和亞組織學選擇。可從此處下載各種癌症類型和每種癌症類型的體細胞突變記錄數。點擊ID會呈現如下內容，可以看到突變的詳細內容。
Somatic mutations in experimentally identified miRNA target sites:PAR -CLIP，HITS-CLIP
實驗確定的miRNA目標位點中的體細胞突變：PAR-CLIP，HITS-CLIP
除CLASH之外，SomamiR還開發了其他幾種CLIP-seq實驗技術，例如HITS-CLIP和PAR-CLIP，並用於鑑定與誘導RNA的沉默複合物（RISC）中的miRNA結合的特定mRNA序列。與CLASH不同，這些CLIP-seq數據僅提供miRNA目標位點，能夠從兩個miRNA靶標預測中識別出與miRNA種子互補的6mer或更長序列的靶位點中所有可產生，破壞或修飾序列的體細胞突變。方法是按照Ellwanger等人（PMID：2144577）的描述應用了6類miRNA種子互補性搜索。其次，數據庫還執行了TargetScan預測。默認情況下，僅顯示體細胞突變對TargetScan識別的目標位點的影響。
Somatic mutations in predicted miRNA target sites
預測的miRNA靶位點的體細胞突變
和上面的功能區一致，需要先選擇癌種類型。左下角可以選擇mRNA、IncRNA 、circRNA，下方會顯示對應的基因編號、基因符號、體細胞突變數、miRNA數量，數據可以免費下載。
Biological pathways impacted by sommatic mutations in miRNA target sites
miRNA靶位點體細胞突變影響的生物途徑
通過選擇實驗數據或者預測數據，可以在下方看到顯示與癌症相關的KEGG途徑中的基因，這些基因在miRNA靶位點中包含體細胞突變。該表提供了包含具有影響miRNA靶位點的體細胞突變的基因的KEGG途徑。KEGG路徑分爲三個表。第一部分包含癌症途徑或與癌症病理直接相關的途徑，第二部分包含信號傳導途徑，第三部分包含其他KEGG途徑。單擊Pathway ID，將在粉紅色框中提供包含3'UTR體細胞突變的基因的途徑，以及這些基因的列表以及與該基因的完整數據庫記錄相關的鏈接。
Cancer associated genes that contain miRNA related somatic mutations
含有miRNA相關體細胞突變的癌症相關基因
這裏會顯示來自GWAS和CGAS的與癌症相關的基因，並且在miRNA目標位點中也包含體細胞突變。單擊基因符號將打開第二個瀏覽頁面，列出該基因的所有轉錄本，單擊符號將打開詳細記錄頁面。
總的來說，在SomamiR，用戶可以使用miR2GO分析miRNA種子區域中體細胞突變的功能影響，或者CLASH實驗確定的miRNA目標位點的體細胞突變、從PAR-CLIP和HITS-CLIP實驗確定的miRNA目標位點的體細胞突變、預測的miRNA靶位點中的體細胞突變顯示基因，lncRNA和circRNA的3'UTR內的體細胞突變、基因lncRNA和circRNA產生或破壞假定的miRNA靶位點等結果開展研究，今天就介紹到這裏，我們下期再會啦。