在日本的街头上，一位女子在大雨中，光粼粼的站着。转眼一位眼神惊愕的，眼神诧异的中年大叔走了过来。女子突然露出狰狞的面目向他扑去，很快，一个传两个，两个传三个病毒蔓延了整个日本

紧接着另一边爱丽丝带领着他的克隆体们进攻保护伞公司位于日本的地下基地。地下基地的负责人莫哥随即指挥武装人员进行防御，但克隆体们不费吹灰之力就冲突破了重重防线，很快地下基地沦陷，莫哥乘坐直升机离开，走之前他启动了基地的自会程序，导致留在基地内的克隆体们全部被消灭。正当莫哥高兴的时候，爱丽丝拿枪指着他的脑袋，原来爱丽丝本体早已经躲在了飞机上，爱丽丝正洋洋得意的时候，莫哥以迅雷不及掩耳之势将手中的抗毒血清注射到爱丽丝体内。被注射血清的爱丽丝体此时失去了超能力，现在的他对于莫哥来说就是一个普通人。但是天有不测风云，飞机失控撞到了山上，莫哥死去，而自带主角光环的爱丽丝生存了下来

之后的数年爱丽丝没有任何行动，他开着一架飞机开始到处乱逛，这天，他来到了一处，停满飞机的草地上，并在海滩上发现了，标有保护伞公司标志的飞机，原来这是上一部小克开始的那架飞机。随后，在距离飞机的不远处，爱丽丝发现了失去记忆并且异常狂暴，胸前还有一个奇怪的红色蜘蛛装置的小克，随后爱丽丝带着小克离开海滩，在经过好莱坞上空时，他发现了一栋大楼上有几个人在求救，于是他在大楼上强行降落的飞机，但是由于大楼长度有限，飞机来不及减速，致使飞机挂在了大楼边缘，还好有光头哥的相助飞机才停了下来，大楼上的人们以为，爱丽丝所驾驶的飞机，是阿卡迪亚号巨轮派来救他们的，原来有一艘叫阿卡迪亚的巨轮一直发送广播让这个残废的世界里的幸存人类到巨轮上去，那里有安全舒适的环境，还有充足的食物和水以供他们使用。但奇怪的是，两天前这个召集幸存者的信息，突然停止播送，谁都不知道阿卡迪亚巨轮上发生了什么

原来这里不仅只是大楼楼顶上的几个人，还有一个人被关在笼子里，这个人是一个军人在抵抗丧尸的行动中，不巧与同伴失散，随后机缘巧合被一个犯人关在了笼子里，他说他有办法离开这栋大楼，而此时大楼底部危险也悄悄降临一些会挖洞的丧尸，正在悄悄逼近爱丽丝他们

这天爱丽丝在大楼里洗澡，不巧被一个猥琐的油腻男人偷看。爱丽丝气愤地上前想要教训一下去油腻男，这时候挖地丧尸挖通地道从里面钻出来，把油腻男咬死了，随后又潜入地洞里显然大楼里也不再安全，于是众人打算离开大楼前往阿卡迪亚号巨轮上寻找，碰碰运气，于是他们商量对策，打算把关在笼子里的军人给放出来。刚刚放出笼的军人，看到小克一脸的茫然，似乎他们俩认识，其实，居然是小柯的哥哥，旦小克此时已经失去了记忆，在他面前的军人不是他的哥哥，而是一个陌生人，随后军人带领爱丽丝他们来到一所大门前拿一些重武器而此时门外有一个拿着个大锤的巨型丧尸。正在砸门，爱丽丝感到自己手中没有什么武器可以对付巨型丧尸，于是他带着军人和一个打酱油的，一起从水下通道潜入的军械库里拿武器，在去的途中打酱油的被咬死，只有军人和爱丽丝两人进入了军械库

另外一些人则打开了军人所说有大重型武器的那个门，在里面发现了一辆装甲车但是这辆装甲车已经坏了，要修好它要花费很多时间，这时，人幸存者里的一个卷毛坐不住了，他疯狂地跑到楼顶将爱丽丝的飞机开走，独自一人前往阿卡迪亚，余下的众人，则被丢下了等死，这是放生们冲到了楼顶，一行人被逼无奈开始拿枪反击，但是丧尸太多，打不过来，爱丽丝及时赶到让众人进入到电梯里，随后他炸断电梯让众人快速的掉落在楼底，自己则只身一人对抗丧尸。他把炸弹扔在楼顶，腰间系个一根缆绳，从楼顶一直荡到楼下。光头哥则在不远处接应。只见爱丽丝引爆了楼顶上的炸弹，顺利到达楼下，紧接着手持两把猎枪，一枪一个的解决掉接近自己的丧尸，在千钧一发的时刻，从即将快要关闭的门缝里钻进了屋里，这下好了，天上地下所有的路都被堵死了，他们说不去了，于是几个人一合计，打算从丧尸挖的地道里逃出去。军人打头阵，他先钻进了地道里。但是此时巨型丧尸忽然攻了过来

小克和爱丽丝联手，打爆了巨型丧尸的头，随后跟随着军人从地道里钻出了大楼，不幸的是光头哥没能逃出大楼。被丧尸抓走幸存者只剩下了三个人，于是爱丽丝和军人与小克乘坐快艇来到了阿卡迪亚巨轮上，一行人在巨轮上到处搜索，都没有见一个人影，随后他们来到甲板下方，在大门上发现了保护伞公司的终极，看到这一幕，小克忽然想起了海滩上发生了什么，原来那一天，从海边来了一群看似是救援人员的人，并高高兴兴的欢迎他们，正当与他们接触时，他们却把红蜘蛛控制器装在了他们的胸口上，小克身手敏捷，打倒了两个武装人员就跑到了小岛深处，侥幸逃活了下来，原来保护伞公司，诱骗幸存者好抓去做实验，而这座船就是保护伞公司的流动实验基地。随后，甲板下灯光全部被打开，一行人先是发现了被冷冻的幸存者们，还有许多军用直升飞机和丧尸。来到实验室的最后一层，他们发现了莫哥坐在椅子上。自私的，自私的卷毛也成了他的手下，原来莫哥利用t病毒将自己变得更强，但是此时t病毒想反客为主，控制墨哥，莫哥心想，爱丽丝和t病毒的完美融合，有了爱丽丝的DNA来就可以来抑制身体t病毒的反噬，于是莫哥就开挂似的和三人打了起来。莫哥利用超能力将军人和小克关在了冷藏室里

只留下爱丽丝和莫哥之两人开始打斗，但是爱丽丝仍然技高一筹，他一枪射爆了莫哥的脑袋，莫哥暂时失去理智，躺在地上，爱丽丝用平板放出了军人和小克。军人和小克为了泄愤，在莫哥身上射了数十枪，接着三人扬长而去而把卷毛留在了里面，关上了大门。莫哥没有死，过了一段时间他就把卷毛吃了，随后开着军用直升机逃走，他仍想启动自毁程序，将阿卡迪亚巨轮炸掉，但是，爱丽丝早已将自毁炸弹放在了直升机里，炸弹爆炸，莫哥彻底玩完，爱丽丝随即向全世界发送广播说阿卡迪亚号上没有感染者，这是个安全的地方，幸存者们可以来这里，但是广播刚发出去后不久，一群保护伞公司的武装人员驾驶着直升机就来到了，电影结束