你牙菌斑上的微生物，可能和土壤細菌是親戚

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在美國芝加哥大學（University of Chicago）醫學系的助理教授 A.Murat Eren 博士看來，口腔是研究微生物羣落的最佳場所。“那裏不僅是腸胃道的起點，還有着非常特殊的微環境，其中的微生物多樣性足以讓我們回答關於微生物組及其演化的有趣問題。” Eren 說道。

“位點特異性（部位特異性）數量之多讓人驚訝，在口腔的不同區域你能找到明確的微生物模式，生活在舌頭上的微生物和生活在牙菌斑上的差異極大。”他繼續說道，“比起你咽喉或牙齦上的微生物，你舌頭上的微生物反而與別人舌頭上的更相似！”

在於 12 月 16 日發表在《基因組生物學》（Genome Biology）雜誌上的一篇新研究中，Eren 與來自芝加哥大學以及位於美國伍爾霍茲的海洋生物學實驗室（Marine Biological Laboratory, Woods Hole）的研究者們針對這一獨特的生態學現象展開了合作。他們使用最先進的測序技術和分析方法，詳細研究了口腔微生物組。研究人員分析了尤其難以研究的屬於 Saccharibacteria（TM7）綱的口腔細菌。他們的分析結果爲口腔微生物的演化給出了驚人線索。

使用先進的分析方法，該團隊深入檢查了每一個微環境內所有微生物的基因組，爲了解口腔微生物羣落的組成提供了新思路。

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“通常情況下，研究一種微生物環境時，我們會取樣，但一般只讀取其中一小部分的基因組信息，只要足夠我們對這個微生物作出基本的識別就行。” Eren 說，“（這一次）我們使用了更全面的方法，稱作宏基因組學（metagenomics），能夠測序口腔樣本中完整的 DNA 內容。通過這種方法，我們能夠重建完整的微生物基因組，識別出新的微生物物種，並搞清楚每一個物種在進化樹上的位置。”

他們發現，基於基因組的相似性，不同的 TM7 物種可以歸類爲六種子序列集（bins），或者說進化枝。基因組的差異代表着，不同物種在演化史過程中，在什麼時間點彼此分離。

當團隊將這口腔中 TM7 物種的子序列集與體外環境或者人類/動物腸道中 TM7 物種的相比較時，研究人員驚訝地發現，從遺傳角度來看，牙菌斑與舌頭上的 TM7 微生物並不相似。前者更接近於外部環境中的 TM7，而舌體上的 TM7 則更接近胃腸道中的 TM7。

“當我繪製系統發育圖譜來比較舌頭和牙菌斑的 TM7 時，看到它們彼此不相似，我感覺自己的大腦要爆炸了。”該研究的第一作者 Alon Shaiber 博士說，“這完全出乎我們意料之外。”如今，Shaiber 博士是美國威爾康奈爾醫學院（Weill Cornell Medicine）的基因組數據科學家。

研究人員對這些結果的解釋是它們暗示着微生物如何從環境進入人體內。“我們的假設理論是，牙菌斑對生活在宿主體內的微生物的演化發揮了作用，比如像 TM7 的一些進化枝。（牙菌斑）給這些微生物提供一箇中介空間，讓它們不用立刻直接面對來自宿主的威脅。” Eren 解釋說，“一旦適應了牙菌斑環境，微生物就能夠躍入下一個新‘棲息地’，比如舌頭，從而完全適應宿主。”