儘管ERP能夠微企業帶來巨大的價值，但隨着時代的發展傳統ERP可能會給企業帶來一定挑戰，其中許多是可以通過準備和選擇正確的ERP合作伙伴來避免的。
系統成本。由於購買、實施和維護的成本很高，早期的ERP系統只有大公司才能使用。然而，二十多年來，情況並非如此，雖然ERP仍然需要時間和資金的投資，但由於SaaS系統收取經常性費用，以及更多爲中小型企業設計的解決方案進入市場，該技術已經變得更加實惠。一些雲ERP系統可以通過雲端部署的形式最大限度降低成本。
培訓成本。傳統ERP有一個學習曲線，而且普遍培訓成本較高。任何將使用該軟件的人，最好是大多數或所有的員工，都需要一定程度的培訓。雖然一開始可能會有牴觸情緒，但隨着人們意識到這項技術對他們的幫助有多大，這種牴觸情緒也會逐漸消失。頻繁更新的新系統更加直觀，對用戶更加友好，減少了培訓要求，提高了採用率。
數據轉換成本。當轉移到一個新的ERP，你可能需要將一些數據轉換成與新平臺兼容的格式。這可能會導致意想不到的成本和延誤，所以要審查你的數據庫，並與你的IT團隊或集成合作夥伴合作，儘早確定潛在的數據兼容性問題。然後，你可以將轉換工作納入ERP實施計劃。
複雜度。一個ERP系統有很多功能，這可能讓你的員工感到畏懼。但是，今天的軟件比傳統的系統更容易使用，因爲供應商專注於改善用戶體驗。此外，員工只需要訪問其工作所需的模塊和儀表盤，這可以使其更容易接近。徹底的培訓可以消除對複雜性的擔憂。
維護。在過去，維護是一個巨大的開支，阻礙了收入較低的企業採用ERP。公司不僅需要一個IT人員來處理補丁，安全和所需的系統升級，它往往不得不支付供應商或第三方服務提供商的專業知識。對於SaaS系統來說，這個問題就不那麼重要了，因爲供應商會負責所有的維護工作，並定期將所有客戶轉移到最新的版本，而且這一切都包含在訂購價格中。關注維護的公司應該徹底審查潛在的供應商，以確保它提供一個真正的供應商管理的SaaS系統。
不能解決流程和政策問題。如果你有容易出錯或低效的流程，ERP不一定能解決這些問題，儘管它可能會提高準確性。然而，它可以發現你的操作中的問題，並幫助你集思廣益，以更好的方式開展業務。同樣，對於那些阻礙組織發展的政策，也需要你去調整，然後配置系統以支持更好的業務方式。
