在2017年出版的《刺殺騎士團長》裏，藉着主人公之口，村上直接表達了自己對南京大屠殺的想法：

“是的，就是南京大屠殺。經過一番激戰後，日本軍佔領了南京市內，並在那裏殺了很多人。在被殺的人羣中，有的是和戰爭相關的，也有激戰結束後殺的。當時，日本軍因沒有餘力來管理戰俘，於是便殺死了大量的投降士兵和普通百姓。儘管關於確切的死亡人數的問題，歷史學家之間還存在着爭議，然而不可否認的是，無數被迫捲入這場戰爭的市民們，也都被無辜地殺害了。有人說死難者人數是四十萬，也有說是十萬的，可是這四十萬和十萬的區別到底在哪裏呢？”

村上還曾在書中把許多日本人喜愛的昭和年代稱做“那個黑暗的年代”。

除此之外，一直以來村上都身體力行地宣傳着反戰思想。巴黎舉辦的一個讀者交流會上，村上就說：“傳達正確的戰爭歷史是我們這一代應該做的事。有一些勢力試圖把只對本國有利的事情告訴年輕一代，我們必須對抗這些勢力。”

對於這股“要對抗的勢力”，村上的觀點總是很直接、明確，從不曖昧。譬如，在他數年前接受《朝日新聞》採訪時，就曾經這樣描述一些日本人眼中的侵華戰爭：

“戰爭之後，最終得出的結論是沒有人做錯。沒有人爲1945年結束的戰爭負起真正的責任，也沒有人爲2011年福島核電站事故真正擔負責任。從根本上來說，日本人民似乎不認爲他們同時還是攻擊發起者，這一傾向變得愈發明顯。”這樣的立場在右翼勢力強大的日本很容易受到攻擊。不少人罵他是“反日”，還集體抵制他的作品。但他毫不理會。父親去世隔年，村上在耶路撒冷做了那個著名的《高牆與雞蛋》的演講。演講中的提到父親的部分放到今天，突然有了更深厚的閱讀背景。那段演講是這樣說的：

“我的父親去年夏天去世了，活了九十歲。他是個退休教師，也是個兼職僧侶。在研究生院就讀期間被徵召入伍，參加了中國大陸的戰鬥。我小的時候，他每天早上都在飯前向佛壇獻上長長的、深深的祈禱。每次看見父親祈禱的身姿，我都覺得那裏似乎漂浮着死亡的陰影。父親去世了，其記憶——還沒等我搞清是怎樣的記憶——也徹底消失了。但是，那裏漂浮的死亡氣息仍留在我的記憶中。那是我從父親身上繼承的少數然而寶貴的事項之一。”這當中提到的”死亡“想必也包括那名臨死不懼的中國戰俘，以及村上的父親在太平洋戰爭中死去的同伴。

然而，這些從父親那兒繼承來的痛苦的記憶，卻在兒子身上逐漸化爲了某種堅定的東西。也是在這裏，我們聽到了那句敲打了無數心房的名言：

“假如這裏有堅固的高牆和撞牆破碎的雞蛋，我總是站在雞蛋一邊。”