优化升级 | 博奥晶典人类环状RNA芯片V2——RNA界的雷神之锤

摘要：博奥晶典人类环状RNA芯片V2——博奥生物旗下北京博奥晶典生物技术有限公司自主研发设计的一款circRNA芯片，2019年4月，为了方便研究者高效地筛选有效位点，博奥晶典针对此款芯片的位点注释信息进行了全新的优化升级，利用主流circbase数据库、deepbase数据库结合经典文献进行位点整合及注释，在后续的实验结果中可提供丰富的circRNA数据信息，完善的注释内容，进一步提高circRNA鉴定的准确率，为各位学者英雄进行后续研究提供便捷。研究者通过circRNA芯片鉴定胃癌（GC）相关的circRNA，发现circ-KIAA1244在胃癌患者的组织、血浆及细胞中均明显低表达。

环状RNA（circRNA，circular RNA）是RNA领域中的“雷神之锤”，它通过直接调控mRNA，或者通过ceRNA等多种机制在生长发育、疾病发生中发挥着重要的调控作用，因而受到各位学者英雄们追捧。但想举起此锤，却需要具有一定资质（if he be worthy）。

今天小编就和大家分享下

举起“雷神之锤”的秘密所在

博奥晶典全新优化升级的circRNA芯片

博奥晶典人类环状RNA芯片V2——博奥生物旗下北京博奥晶典生物技术有限公司自主研发设计的一款circRNA芯片，2019年4月，为了方便研究者高效地筛选有效位点，博奥晶典针对此款芯片的位点注释信息进行了全新的优化升级，利用主流circbase数据库、deepbase数据库结合经典文献进行位点整合及注释，在后续的实验结果中可提供丰富的circRNA数据信息，完善的注释内容，进一步提高circRNA鉴定的准确率，为各位学者英雄进行后续研究提供便捷。

目前博奥晶典已支持多位老师利用该款circRNA芯片成功的举起了“雷神之锤”，下面请欣赏他们的成功思路。

Part 1

利用circRNA芯片发现胃癌诊断的

生物标志物

Molecular Cancer, 2018, 17: 137.

IF: 7.776

❖ 关键词：circRNA、微阵列芯片、胃癌、biomarker、外泌体、血浆

❖样本类型：血浆

❖ 样本数量：10例胃癌患者、5例正常人

❖ 服务产品：本文中使用的circRNA芯片由北京博奥晶典生物技术有限公司提供技术服务

研究者通过circRNA芯片鉴定胃癌（GC）相关的circRNA，发现circ-KIAA1244在胃癌患者的组织、血浆及细胞中均明显低表达。进一步的临床数据分析发现低表达的circ-KIAA1244与分级、淋巴转移呈负相关，患者的生存期较短。同时本研究发现在血浆外泌体中也能鉴定到circ-KIAA1244，与血浆中的circ-KIAA1244表达量相比无明显差异，结果表明circ-KIAA1244可以作为诊断胃癌的biomaker。

图1 circ-KIAA1244结构示意图

图2 circ-KIAA1244推论模式图

Part 2

CircPSMC3通过竞争性结合miR-296-5p

抑制胃癌的增殖和转移

Molecular Cancer, 2019, 18: 25.

IF: 7.776

❖ 关键词：胃癌、CircPSMC3、miR-296-5p、PTEN

❖样本类型：血浆

❖样本数量：10例胃癌患者、5例正常人

❖ 服务产品：本文中使用的circRNA芯片由北京博奥晶典生物技术有限公司提供技术服务

研究者通过circRNA芯片鉴定胃癌（GC）相关的circRNA，发现CircPSMC3在胃癌患者的组织、血浆及细胞中均明显低表达，与分级及生存期相关。通过荧光素酶报告实验、RNA pull down及荧光原位杂交检测circPSMC3与miR-296-5p的相互作用，利用过表达、基因敲除及转染等实验研究circPSMC3的功能，研究发现过表达circPSMC3和miR-296-5p抑制剂可以抑制胃癌细胞在体内和体外的发生，而同时转染circPSMC3和miRNA-296-5p可以抵消这种作用，更为重要的发现是circPSMC3可以作为miR-296-5p的海绵，调控PTEN的表达，进一步抑制胃癌细胞的肿瘤发生。

本研究结果表明circPSMC3可作为诊断胃癌的biomaker，同时通过结合miRNA-296-5p调控PTEN基因进而影响胃癌的形成，为胃癌的治疗提供了新的思路。

图3 circPSMC3/miR-296-5p/PTEN作用机理示意图

参考文献：

Rybak-Wolf Agnieszka,Stottmeister Christin,Glažar Petar et al. Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed.[J].Mol. Cell, 2015, 58: 870-85.

Tang Weiwei,Fu Kai,Sun Handong et al. CircRNA microarray profiling identifies a novel circulating biomarker for detection of gastric cancer.[J].Mol. Cancer, 2018, 17: 137.

Rong Dawei,Lu Chen,Zhang Betty et al. CircPSMC3 suppresses the proliferation and metastasis of gastric cancer by acting as a competitive endogenous RNA through sponging miR-296-5p.[J] .Mol. Cancer, 2019, 18: 25.

部分支持发表文献：

Li S , Teng S , Xu J , et al. Microarray is an efficient tool for circRNA profiling[J]. Briefings in Bioinformatics, 2018.

Chen S , Zhang L , Su Y , et al. Screening potential biomarkers for colorectal cancer based on circular RNA chips[J]. Oncology Reports, 2018, 39(6):2499-2512.

Ning B , Eming P , Xingsheng Q , et al. circFBLIM1 act as a ceRNA to promote hepatocellular cancer progression by sponging miR-346[J]. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, 2018, 37(1):172.

Qian Z , Liu H , Li M , et al. Potential Diagnostic Power of Blood Circular RNA Expression in Active Pulmonary Tuberculosis[J]. EBioMedicine, 2017, 27(C):18-26.

Li Xuejie,Zhao Zhenzhou,Jian Dongdong et al. Hsa-circRNA11783-2 in peripheral blood is correlated with coronary artery disease and type 2 diabetes mellitus.[J] .Diab Vasc Dis Res, 2017, 14: 510-515.

Dang Y , Ouyang X , Zhang F , et al. Circular RNAs expression profiles in human gastric cancer[J]. Scientific Reports, 2017, 7(1):9060.

Cao S , Wei D , Li X , et al. Novel circular RNA expression profiles reflect progression of patients with hypopharyngeal squamous cell carcinoma[J]. Oncotarget, 2017, 8(28).

Zhao Z , Li X , Gao C , et al. Peripheral blood circular RNA hsa_circ_0124644 can be used as a diagnostic biomarker of coronary artery disease[J]. Scientific Reports, 2017, 7:39918.

Zhao Z , Li X , Jian D , et al. Hsa_circ_0054633 in peripheral blood can be used as a diagnostic biomarker of pre-diabetes and type 2 diabetes mellitus[J]. Acta Diabetologica, 2017, 54(3):237-245.

博奥晶典ncRNA检测平台介绍

博奥晶典自2006年开始提供ncRNA检测服务以来，目前已为超过200家单位提供了科研服务，ncRNA检测平台支持发表文章250余篇，影响因子超过1000分；目前博奥晶典可提供ncRNA检测测序和芯片两种平台。博奥晶典科研服务事业部拥有经验丰富的专业技术团队，一直以顾客为中心，以坚持科技领先、服务完善、注重细节、质量稳定为基础，提供创新、完善的整体解决方案。