1967年，尼日利亚境内分裂分子宣布成立”比夫拉共和国”，政府随即发动了统一战争。战争打得非常惨烈，双方死伤相当惨重。1969年5月，奥巴桑乔上校出任政府军陆军第三海上突击师师长，这一年他年仅34岁。在他指挥之下，突击师连续取得多场关键性战役胜利。1970年1月，“比夫拉共和国”最后防线被突破后，分裂主义军队被迫向奥巴桑乔宣布投降。

比夫拉战争后，奥巴桑乔在尼日利亚军界树立了崇高威望，战后晋升为准将军。由于军政府首脑戈翁拒绝“还政于民”，1975年奥巴桑乔参与了默塔拉上将领导的军事政变，推翻了戈翁的政权。政变成功后，他成为仅次默塔拉的二号人物。一年后戈翁残余势力发动叛乱，国家元首默塔拉遇刺身亡。奥巴桑乔在镇压叛乱之后，被推选为国家元首。执政后，奥巴桑乔努力推进经济改革和民主过渡，组织在全国范围内进行民主选举，为“还政于民”做了大量工作。

1979年10月，奥巴桑乔正式将政权移交给大选产生的文官政府，由此他成为非洲史上第一位主动把国家大权交给民选政府的军政府首脑。这一年才44岁，正是年富力强的年龄，在移交权力后他回到家乡，经营了一家农场。奥巴桑乔的高风亮节，为他赢得了极大的社会声誉，被人们誉为“非洲雄鹰”、“民主圣人”，他的名字在尼日利亚、乃至整个非洲到处传颂。然而，民选政府只存在了短短四年，军人发动政变将其推翻，尼日利亚又进入了军人独裁统治，并持续了长达十六年之久。

在此期间，奥巴桑乔一直心系国家前途，以一位资深政治家的身份，活跃在国内政治舞台上，热心调解各种势力纠纷。在阿巴查军政府统治期间，奥巴桑乔经常批评军政府贪污腐败、随意剥夺国民自由，结果遭到阿巴查记恨。1995年6月，奥巴桑乔被军政府投入监狱，罪名是“危害国家”和涉嫌政变的莫须有罪名。三年后，阿巴查因突发心脏病去世，军队参谋长阿布巴卡尔将军上台。他随即向全国宣布新的还政于民计划，释放了一切政治犯，奥巴桑乔获释出狱。

奥巴桑乔出狱后，本来无意从政，打算回到家乡继续经营农场。但在朋友们劝说下，他决心再度从政。1999年尼日利亚举行总统大选，奥巴桑乔赢得了广大选民的支持，以压倒性优势当选为总统。5月29日，在尼日利亚首都阿布贾举行了隆重的总统就职仪式，奥巴桑乔宣誓就任尼日利亚第四共和国总统。这一天，世界各国政要云集阿布贾，向奥巴桑乔表达了真诚的祝贺，这一天也被定为尼日利亚的民主纪念日。

执政以来，奥巴桑乔不负众望，他严厉打击腐败，致力于发展经济，推动了尼日利亚政治民主化进程，国家出现了和平稳定的局面。2003年，奥巴桑乔众再次高票当选总统。在他主政八年来，尼日利亚经济得到良好发展，国内各行业起色明显，基础设施也有所改善。2007年5月，奥巴桑乔正式卸任总统职务，开始了又一次平民的人生岁月。