在《大明王朝1566》中，馬寧遠是個可圈可點的人物，如楊金水評價的“肯幹事，認上司”是他的長處，他是個耿直的人，但也因爲過於耿直，沒有權謀之心，才被何茂才那一夥人利用，做了劇中第一個被犧牲的棋子。倘若不是胡宗憲點醒，他就是那種被賣了還幫人數錢的那種人，真實可悲可嘆！

馬寧遠是個忠厚之人，一心報答胡宗憲的知遇之恩，因而盡力促進改稻爲桑。從毀踏青苗，到毀堤湮田都是執行人之一。最後毀堤淹田事件發生後，還是想着替部堂分憂，一切罪責都由自己擔着，不想連累牽扯“上面”的那些人。直到何茂才賣了他，他才明白鬍宗憲的用意，也才一五一十的交代了鄭泌昌、何茂才他們做的事情。成爲胡宗憲逼退楊金水、鄭泌昌他們繼續推行改稻爲桑，從災民手中賤買桑田的關鍵把柄。

劇中的馬寧遠是條漢子，也是被八股文禍害了的好官。從改稻爲桑國策的推行過程中可以看出，他首要爲國，其次爲民。在國策和百姓面前，他選擇犧牲百姓。因爲在他心中，國策爲大，這就是爲什麼說他被八股文禍害的原因。但是在良知和前途面前，他選擇了良知。他沒有舉報別人，而是選擇自己扛罪，且不說給百姓交代，他這是給部堂，給自己一個交代。

馬寧遠出身卑微，能做到杭州知府已經是光宗耀祖了。他最感謝的人就是胡宗憲。對朝廷來說，他是個好官。但是就百姓而言，他並不是海瑞那樣受萬民敬仰的海青天。所以纔有了他那句名言：“怕死？怕是就把頭上的烏紗帽給摘下來，改稻爲桑是國策，死一千個人，死一萬個人，就是全浙江的人都死了也得執行” 。