莖稈是連接根系與葉片的部分，主要起支撐作用。莖稈組織皮層厚，面積小，較難被病菌侵染，因此莖稈病害相對葉部和根部病害來說要少得多。近年來，隨着反季節蔬菜生產增加，棚內溼度大，露水留存時間長，適合喜溼型病害發生，尤其是細菌、卵菌性病害爲多。

細菌性病害

種類：細菌性軟腐病、細菌性髓部壞死

細菌性軟腐病在茄子、辣椒、西紅柿等蔬菜上都有發生，侵染後造成莖稈內外腐爛，典型症狀爲黏糊糊且帶有明顯的臭味。入冬以來，記者在壽光紀臺鎮、文家街道等地採訪時，多次發現細菌性軟腐病發生。隨着氣溫降低，通風減少，露水增加，細菌性軟腐病發生也會隨之增加，在此提醒菜農注意加強觀察防控。

卵菌性病害：晚疫病

晚疫病幾乎可以侵染植株的所有部位，包括莖基部及主根（又稱疫黴根腐病）、莖稈、葉柄、葉片、果實等多個部位。與細菌性病害相同，卵菌性病害傳播侵染時必須有液態水存在，當前棚內環境正是適合晚疫病發生的時候。記者在諸城、膠南等地採訪時，發現多個地方都有晚疫病發生。晚疫病發病迅速，防病用藥也要及時，發現後要立即噴藥，絕不能耽誤時間，一旦耽誤了防病時機，往往造成重大損失。

真菌性病害

種類：灰黴病、菌核病、莖枯病等

灰黴病、菌核病、黑黴病等也會侵染莖稈，造成發病。真菌性病害發病症狀明顯，主要侵染表皮，容易發現，防治相對也簡單一些。

不管是莖稈上發生的哪種病害，防治難度都很大，關鍵就在於莖稈處於葉片圍護之下，藥液難以全面噴灑均勻，且皮層組織後，藥劑內吸性差，難以有效殺滅病原菌。因此，防治莖稈病害最有效的措施就是提前預防，防病於未發之前。