日本陸軍和海軍不和是有深刻的歷史淵源的。這要從明治維新初期開始說。

第一明治維新的主力軍是薩摩藩和長洲藩，比如大久保利通，西鄉隆盛，伊藤博文，山縣有朋等人都是出自薩摩藩和長洲藩。明治政府出現兩大派系。

第二日本維新開始後建立新軍隊的基礎是從薩摩和長洲召集的，薩摩成爲海軍，長洲成爲陸軍。而明治維新初期日本沒有議會，沒有憲法，完全是藩閥政治。薩摩藩和長洲藩各自擁兵自重，左右日本政局。陸軍和海軍成爲各個派系的工具。

第三日本海軍學習英國，日本陸軍先學習法國，普法戰爭後改學德國。從這時開始日本海軍和陸軍就開始了各自不同的發展路線。

第四發展海軍和陸軍都要耗費資源，而海軍和陸軍有分別代表了不同藩閥的利益，所以在爭奪發展資源，比如鋼鐵，石油上矛盾很多。第五20世紀30年代陸軍內部分裂爲皇道派和統治派，226兵變后皇道派被打壓，以東條英機爲首的統治派上臺。陸軍親德國意大利，海軍親英美。陸軍要加入軸心國，海軍反對軸心國，要與英美妥協。最後陸軍占上峯，打壓海軍。海軍出身的首相米內光政下臺。陸軍東條英機出任首相，二戰全面爆發 ,日本陸軍基本負責中國和南洋戰線，海軍負責太平洋及其島嶼戰線。二戰日本海軍損失最大，全軍覆滅，海軍指責陸軍偷懶，陸軍指責海軍不打勝仗浪費資源。東條英機後來兼任陸軍大臣，首相，參謀總長等要職，偏向陸軍。海軍作戰部長成了東條的傀儡。

近代日本實行特殊的“二元結構”體制，對軍隊的統帥權直屬天皇，由陸軍參謀本部、海軍軍令部給予輔弼，內閣無權干涉，這就使“政府機關與統帥機關始終處於對立平等地位，任何一方均不得凌駕於另一方”。在陸軍參謀本部、海軍軍令部這兩個軍令機關之外，內閣中還設有陸軍省與海軍省，作爲軍政機關。因此，在所謂的“軍部”中，又存在着陸、海軍系統各自的軍政與軍令“二元結構”。①

日本曾多次試圖在陸、海軍之上設立統一的指揮機構，都未獲成功。陸、海軍在軍部內的長期對立，使日本很難制定一致的對外戰略。

1936年，制定國策時，陸軍將蘇聯列爲第一大敵，主張“北進”。在他們看來，“先應傾注所有兵力使蘇聯屈服”；戰勝蘇聯後，“再結集東亞與帝國之一切親善關係，進而達到把英、美勢力從東亞驅逐之目的”。在海軍的戰略中，則先要“南進”，驅逐英、美在東亞勢力，確立霸主地位後，再對付蘇聯。

以廣田弘毅爲首的內閣，無力在陸、海軍戰略中做出選擇，只能兼顧兩者。在最終確定的《帝國國防方針》中，美國與蘇聯被同時列爲日本的首要敵人，實行“南北並進”戰略。即便如此，陸、海軍還爲美、蘇，或是蘇、美的排序問題，爭論不休。由於在戰爭之初，日本並沒有一個明確的戰略規劃，以至在國際局勢變幻莫測時，窮於應付。

在全面侵華後，日本陸軍在1938年張鼓峯事件、1939年諾門坎戰役中與蘇軍兩次交手，全部歸於慘敗。這才使陸軍開始停止“北進”戰略，同意先行“南進”。但是1941年蘇德戰爭爆發，又讓陸軍內一些人重燃“北進”夢想，要求與德國夾擊蘇聯。最後通過重申御前會議上通過的《國策要綱》，才讓陸軍上下服膺“南進”國策。

即使是在太平洋戰爭中，陸、海軍對於“如何打”的問題，也還是爭論不休。如1942年，陸軍要求在太平洋正面戰場避免大規模進攻，準備應對美國可能發動的反攻；海軍則主張儘早尋機與美國決戰。又如，海軍要求進攻澳大利亞，陸軍則反對。以至日本無法制定一個實質性的戰爭指導大綱，只能籠統地表示，“應繼續擴充既得的戰果，整備長期不敗之政戰態勢，相機採取積極的方策。”

在侵華問題上，日本陸軍與海軍意見也不一致。關東軍發動滿洲事變後，海軍持堅決地反對立場。直到1932年，上海發生日本僧侶被殺事件，駐在當地的日本海軍聲稱：“陸軍必須保衛我們在滿洲的權益。上海沒有陸軍，所以海軍在上海就必須負起同樣的任務。”海軍一向嫉妒陸軍在滿洲的風光，現在終於等到了大顯身手的機會，表示：“陸戰隊並非昔日之陸戰隊，有兩千人，有野炮和裝甲車，沒問題。”言下之意就是，憑海軍的力量足以對付十九路軍，無需陸軍插手。

但是當戰鬥真的發生時，海軍還是不得不求助於陸軍。海軍認爲，上海是它的警備區，要求多少陸軍增援，要由它說得算；在陸軍看來，海軍這是對陸軍統帥權的侵犯，要派多少兵力去上海，必須陸軍自己決定。此時海軍有求於人，只好讓步，同意按陸軍要求，派遣第9師團到上海。接下來，當戰局需要繼續增兵時，關於登陸的地點、時間，海軍又同陸軍發生了嚴重分歧。

七七事變爆發後，裕仁天皇分別向陸軍參謀總長和海軍軍令部總長詢問解決方案。參謀本部的設想是，在華北增兵，佔領河北、察哈爾，阻止中國軍隊北上；派一部分陸軍到上海、青島護僑；期待海軍發動大規模空襲；做好持久戰準備。軍令部則把戰爭重點放在上海，認爲要先“確保上海”“在上海作戰中迅速獲得重大戰果，以便在防止各國干涉……等方面取得重大成效”。

對於兩種方案，結果還是折中，一方面“在迅速使用武力獲得成果，力求儘早解決事變問題的方針指導下，以上海爲重點，實施短期決戰；同時，以華北爲重點，預計將進行一場長期的持久戰”。這等於是讓陸、海軍各幹各的，無法統一協作。

日本陸、海軍分立的問題，一直到戰爭結束都未能解決。1945年3月，裕仁天皇表示對這一問題的關注後，陸軍多次提議與海軍磋商，但海軍不給任何商量的餘地。以至除了在密蘇里艦、南京和新加坡外，日軍在其他各地的投降書上，都同時簽着陸、海軍將領的名字。由此可以想見，對於日軍來說，統一陸、海軍行動，有多麼困難了。這種對立，讓日本在整個戰爭期間都無法制定長期戰略，時常陷於被動。