1921年，外蒙古爆發共產主義者革命。雖然外蒙古不屬於蘇聯，但受到了斯大林時期蘇聯的強大影響。因此30年代蘇聯大清洗時期，斯大林軍隊屠殺了外蒙古3%到5%的人口，殺掉了大量僧侶，毀壞了約2000座修道院和寺廟。同時還有五萬中華民國的僑民未留下一個活口。

大清洗開始，根登的陽奉陰違

1933年大清洗之初，斯大林授意根登效法蘇聯在黨內抓“反革命集團”。

1934年以後，斯大林的指令與根登內心深處的宗教信仰不可調和，最終兩人劍拔弩張。

斯大林多次催逼根登要在1937年前全面清除宗教階層，暗示殺掉10萬僧侶，這道命令觸碰到根登的情感底線，但他不敢公開違抗，只能陽奉陰違。由於他的消極抵制，致使這一任務被延期兩年。根登很快喪失了斯大林的寵信。

1937年底，根登被扣上“反革命罪和日本間諜罪”的帽子遭處決。之後的外蒙古，進入了喬巴山時代。

大清洗開始，喬巴山的配合

1937年8月應外蒙古政府之“邀請”，蘇聯增派野戰軍3萬人進駐外蒙古，大清洗由此拉開序幕。

1937年9月10日，大清洗正式開始，當晚外蒙古人民革命黨高層65名幹部被捕，包括中央委員會成員、大呼拉爾成員、部長會議成員、軍隊高層全部將領。外蒙內務部在蘇聯專家教導下，對這65人實施“坐火椅、拔指甲、扯光頭髮”等酷刑，扒光衣服，嚴禁睡覺，不準喫飯，直到在僞造的“招供狀”上簽字爲止；還被迫承認“反革命”，供出更多“同夥”名單。

大清洗第一場勝仗抓出了“根登—德米德反革命間諜集團”，根據他們的“口供”，內務部揪出了更多的人，軍隊旅以上有187名將領被捕，51箇中央委員會成員有36個被槍決。有1000多名軍人爲了避免被殺，主動“承認”自己的“反革命罪”，最初只有幾個人得到赦免，以後絕大部分仍被槍斃，不少人全家被殺，甚至包括孕婦。

同時針對宗教界的大清洗也展開了，規模更爲龐大和血腥。指導大清洗的蘇聯總顧問格魯伯奇克1938年8月向斯大林報告：“到7月20日，771座寺院已有615個變成廢墟，8.5萬名喇嘛僅留下17338人。”

內務部成員盧瓦桑薩姆丹1962年回憶，由於逮捕的僧侶太多，導致監獄擁擠不堪，每週會有一兩次集體處決，每次用卡車一車車拉出去。

1939年末，喬巴山在筆記本里記下了這樣一段工作總結：“到11月，共處決喇嘛20356人，其中高級喇嘛600名 ，中級喇嘛3174名，低級喇嘛13120名，摧毀797座寺廟；在1937年和1939年之間，逮捕了56938人，其中20396被處決，被逮捕的人中有17335人是喇嘛”。

另有外蒙境內的2.1萬哈薩克斯坦人被消滅了2000人；140個塔塔爾人只剩下4個；來自中國內蒙的漢蒙兩族人士幾乎未留下一個活口。

後記

外蒙古大清洗確切的死亡人數目前尚無定論，遇難人數有從3.6萬至10萬人不等的版本。而外蒙古數百年所積累下的書籍、卷冊、藝術品毀滅殆盡，寺廟的金銀器皿全被蘇聯人搜刮而去。