光緒三十一年（1905年），一件影響中國前途的大事發生，科舉制度被廢除。但關於廢除科舉還有一些鮮爲人知的內幕，兩派觀點截然不同的朝中大臣爲此進行了長達數年的爭論，所涉及的也是當時最有實權的人物。

​科舉制度到了晚清時期暴露出它的嚴重弊端，偏離了爲國選才的初衷，已經不能適應時代的發展，很多有識之士紛紛建議朝廷廢除科舉。不過，對於這種顛覆傳統禮制的做法，佔據主流的保守派堅決反對，朝廷對此猶豫不決，一時難下定論。

庚子變亂之後，列強在議和條件中，將廢除科舉作爲條件之一。1901年，清廷做出了新政的姿態，在科舉制度中增加策論、中外政治等內容，並廢除八股，停止武科考試，又命新科進士到京師大學堂學習。當年，南方各督撫聯名上奏，請求進行科舉改革，但中樞對此有較大的意見分歧。

時任首席軍機大臣的榮祿對於科舉改革並不積極，因爲在榮祿看來，他並非是科舉出身，如果支持廢科舉，那麼會給人落下口實，認爲是摻雜了個人感情。軍機大臣王文韶則堅決反對廢除科舉，他揚言“老夫一日在朝，必以死爭之。”另一位軍機大臣瞿鴻機支持廢除科舉，但孤掌難鳴。

​此後三年，廢除科舉的呼聲雖然很高，但最終在中樞的反對下未能形成任何有效行動。光緒二十九年（1903年）三月，袁世凱聯合張之洞上奏，認爲雖不能廢除科舉，但應該有所變通，分科遞減，即將科舉錄取名額遞減，讓天下士子入學堂讀書。袁世凱對廢除科舉十分積極，比張之洞顯得更爲急迫，這其中確實帶有個人感情色彩。

袁世凱科舉之路屢屢受挫，後來棄文從武，他對於科舉素無好感，在創辦洋務的過程中，他對西方新式學堂有較多的瞭解。而從實際利益上來看，廢除科舉之後，他手中大量的新式學堂出身的北洋人馬，正好可以獲取更多的政治利益。

兩位實權派總督的聯名上奏，引起了慈禧的重視，她和中樞商量，軍機處之中仍然分歧嚴重。但三天之後，榮祿去世，奕劻補入，導致了軍機處人事發生變化。五月，張之洞入京，參與修訂《奏定學堂章程》，試圖減少科舉錄取名額。

​張之洞入京時，慈禧看到他滿頭白髮，不由想起張之洞二十六歲時參加殿試，由慈禧親點爲探花，那時還是少年崢嶸，此時已是白髮老翁。回首往事，慈禧竟不能自抑，淚流滿面。張之洞跟着老淚縱橫，此次召見竟未發一言。

榮祿死後，形勢也發生了一些變化，張之洞分析奕劻雖不會公開表態支持廢除科舉，但也不會阻礙，最大的阻力便是王文韶。因此，拉攏奕劻、瞿鴻機並爭取王文韶改變態度，成了張之洞的當務之急。

內閣中，張百熙、孫家鼐是支持張之洞的。爲了取得王文韶的支持，張之洞作了一定讓步，在奏稿中加入了妥協內容，如規定新式學堂推行六年後，若不能根除科舉流弊，也無法培養人才，則恢復科舉制度。並反覆聲明，科舉減額只是暫行試用。

到了九月，榮慶擔任軍機大臣，他更偏向於變法，因此也增加了科舉變革的力量。光緒二十九年十一月二十六日，榮慶、張之洞、張百熙，第三次聯名上奏請遞減科舉，並增加了諸多科舉停廢后的善後措施。此奏得到朝廷批准，自丙午科（1903年）起依照奏章辦法遞減科舉錄取名額。

​此時，京城中又出現了反對的聲音，光緒三十一年（1905年），王文韶被罷職。據說是瞿鴻機聯合袁世凱將他趕出了軍機處。爲此，軍機大臣鹿傳霖開始轉變態度，不主張立刻廢除科舉，但可以緩慢進行改革。同時，還有不少人上奏請求恢復科舉。

保守派發起反擊，以圖恢復科舉的努力，在當時是不具現實可能性的，朝野上下大多已認識到廢除科舉，推廣新式學堂的迫切性了。面對反撲的聲音，爲了避免功虧一簣，袁世凱提出了更狠的主張，他主動出擊，請直接廢除科舉，而不是逐漸遞減科舉錄取名額。

光緒三十一年，直隸總督袁世凱領銜，盛京將軍趙爾巽、湖廣總督張之洞、兩江總督周馥、兩廣總督岑春煊、湖南巡撫端方六名大員聯名上《立停科舉推廣學校折》，認爲如果按照遞減名額的做法，要二十年後纔有效果。要挽救時局，富國強兵，就必須推廣新式學堂，要推廣新式學堂，就必須立即廢除科舉。

​八月初四日，清廷決定自明年起廢除科舉。雖有分歧，但軍機處最終還是達成了共識，廢除了沿襲一千多年的科舉制度。客觀地說，廢除科舉制度順應了時代發展，對於國家而言，是積極有利的。後來，袁世凱頗爲得意，認爲廢除科舉制是他一生幹得最有意義的事情。