《花隨人聖庵摭憶》中說，張之洞與西太后關係甚深，極感知遇，折謂：“殿試對策，指陳時政，蒙孝貞顯皇后、孝欽顯皇后拔置上第，遇合之隆，雖宋宣仁太后之於宋臣蘇軾，無以過之”。《金鑾瑣記》亦有詩云：“湖園召見上簾鉤，年少探花已白頭。各有傷心無一語，君臣相對涕橫流”，作者高樹在詩下自注：

“癸卯張文襄來，湖園召見，出殿門，樹往迎之，扶到朝房休息數刻，坐肩輿回小寓。後遇濮梓泉前輩，聞之內監雲，‘孝欽與文襄見面，孝欽嗚咽涕泣，文襄亦涕泣，始終未交言’。蓋各有傷心，不知從何處說起，惟有對泣而已。對泣已久，孝欽命休息，乃出。孝欽癸亥垂簾，閱定文襄殿試卷，是時文襄二十六歲，今免冠叩首，白髮鬅鬙，孝欽焉能無感！”

張之洞與1903年奉旨朝覲慈禧太后，時年六十七歲。慈禧太后比張大兩歲，庚子年後亦年老力衰，會見大臣時憶及西狩苦況常做涕淚流狀，因張之洞系她一手栽培，寵任素專，此次君臣相見，竟無語對泣，誠爲百感交集後的心境悲涼，時人粗線白描的作詩記事，亦足以傳神。

相比於當年湘淮軍諸路豪傑封疆各地、清流衆君子喧譁朝野的同光盛狀，無論是張之洞還是慈禧太后，都能體會到那批中興名臣凋謝後無盡的孤獨和落寞。這種孤獨與落寞，不但沒有因爲清末新政與立憲的蒸蒸日上而有所減弱，反使慈禧與張之洞感到惶惑與無助，而在諸多的朝臣疆吏中，同類相屬且能以心相交的人，已近絕跡。

張之洞生命中的最後幾年，國事日非，心境悲涼，這次重返京師，但見“老輩凋零，風雅歇絕，守舊者率鄙陋閉塞，言新者又多後進踐躁之流，可與言者殆少。感憤之餘，屢屢形諸吟詠。”如往觀慈仁寺觀松，則感嘆：“遺此區區老禿樹，豈足增壯帝京色”；遠足西山又作詩：“西山佳氣自蔥蔥，聞見心情百不同，花院無從尋道士，都人何用看衰翁。”

歷史學者楊國強先生說，“以歷史進步主義爲尺度，清末最後的十年新政曾以前所未有的深度和廣度促成了中國社會的歷史變遷。但顯見得促成了清末十年新政的張之洞並沒有一種與之相匹配的心境”；“身當中西交衝之際的張之洞出入乎清流和洋務之間，從而出入乎是非和利害之間，一生都在努力造時勢，一生又都在被時勢所擺佈，並因之而一生都與晚清的國運相系連。他在一個身不由己的時代裏成了一個身不由己的人”。

時勢變換，往往出乎人的意料。1901年10月，清廷發佈上諭，其中稱：“擇西法之善者，不難捨己從人；除中法之弊者，統歸實事求是”，在朝廷的屢次電促下，張之洞與劉坤一於1902年7月合奏“江楚會奏變法三折”，其中提出“興學育才”四“大端”、“整頓中法十二條”、“採用西法十一條”等。由於劉坤一此時已經衰病殘年，“江楚會奏三折”實際上是張之洞“中體西用論”的具體化，由此成爲清末新政的總綱領與路線圖。

維新派喋血街頭不過三五年，清末新政事業已經在全國各地逐次鋪開，而且走得更遠、所涉及的領域更廣更深，歷史的弔詭而殘酷，又何須多言。事實上，“江楚會奏三折”既包含了洋務派的主張，也融合了維新派的觀點，但步子邁得更大更穩健，其中最重要的是，它的實際可操作性是那些年輕操切的變法書生們所不能企及的。這是經過多年鬥爭乃至流血後的教訓所凝結成的一份寶貴財富，也是封疆大吏對國情傳統及政治運作悉加洞察後的精妙設計，假以時日，中國的近代化轉型與中華民族的強大復興，未必就是一個迷夢。

變法更張勢必牽動四面八方，除舊佈新也難免豕突狼奔，歷史的車輪一旦加速，有良好的設計藍圖而無強有力、高技巧的掌控者，最終的結局亦將一鬨而散。1906年，張之洞入京陛見時，在朝房與軍機大臣王文韶相遇，張之洞閒聊中提及廢科舉後湖北興辦新學之事，言辭中不免有誇耀之意。王冷笑一聲，袖出一冊《湖北留學生界》示之，張之洞閱數頁默然無語。退朝後，即電令鄂督將與事的留日學生召回國。

慈禧太后亡於1908年11月，與光緒的駕崩相隔不過一日。王文韶亦卒於同年。在前一年，張之洞離開經營了18年之久的湖北，入京拜體仁閣大學士，充軍機大臣，首入廷樞，參與朝政。然此時的張之洞已入七十古稀之年，垂垂老矣。

民國聞人徐樹錚曾記一事，說在李鴻章去世後，當時的大臣以張之洞資望最高，袁世凱“仰公如神”，但張之洞見袁後“殊形落寞，項城執禮愈恭，則愈自偃蹇以作老態”。有一次張之洞路過保定，袁世凱盛情招待，徐樹錚“躬侍陪席，親見項城率將吏以百數，飭儀肅對，萬態竦約，滿坐屏息，無敢稍解，而公欹案垂首，若寐若寤，呼吸之際，似骴骴然隱鞬動矣”。張之洞死後數月，袁世凱仍爲此耿耿於懷。若徐所記爲實，則張之洞此時確已年老，精力不濟，或對非科舉出身的袁世凱有所輕慢，但文中“殊形落寞”四字亦見其狀態及心態。

張之洞在《勸學篇》中稱，“出洋一年，勝於讀西書五年”， 在張之洞的影響下，清末湖北留日學生總數接近5000人，僅1906年即有1360人之數，居全國之冠。有心栽花卻插柳，張之洞派遣年輕人出國留學，既存復興國家之期望，或又有消弭革命之念想。

張之洞所期望的東西最終走了樣，變成了他接受不了的東西。後人曾追敘說，“張之洞晚年見新學猖狂，頗有悔心。任鄂督時，指駁新律，電奏凡百餘言，詞絕沉痛。及內用，管理學部。學部考試東洋畢業生，例派京官襄校，司員以單進。之洞指汪榮寶名曰：是輕浮子，不可用，取硃筆抹之。顧滿尚書榮慶曰：我翰林院遂無一堪勝此任者乎？”

汪榮寶爲日本早稻田大學畢業生，後參與修訂法律館，對“西法東漸”有所貢獻，張之洞指之爲輕浮，想必其對日本留學生印象不佳。早在前兩年，原兩湖書院學生黃興自日本歸國後至武昌，期間發表反清革命演說並散發《革命軍》、《猛回頭》等革命書刊，張之洞聞訊大怒，下令將黃興驅逐出境並嚴禁“逆書”，稱“本部堂訪獲《警世鐘》一書，系自上海傳來，誣謗朝廷，攪擾和局，詆良民爲奴隸，贊會匪爲志士，狂吠毒蟄，兇慘萬狀”；“又有《猛回頭》一書，詞意亦極悖謬，與《警世鐘》大同小異，亦系此等亂黨所爲”，“無論坊賈居民，概不準將《警世鐘》、《猛回頭》等逆書營銷傳送，如先徑有是書者，立即送官銷燬，儻敢故匿不報，或翻印傳佈，一經查出，定即治以應得之罪。”

在慈禧太后與光緒皇帝相繼辭世後，張之洞雖爲三朝老臣，但在這個“新學猖狂”的年代，他已經是四顧茫然，力不從心了。不錯，“新政倡自湖北”，但這位設計師卻只能眼睜睜的看着大勢趨壞，他指駁新律時“詞絕沉痛”的上奏，已經證明他在新政的新階段中已經與那些更激進的改革者分道揚鑣，同路殊歸。

在老臣凋謝之後，年少的親貴與同樣年少而新派的留學生結成同盟，他們對張之洞的“中體西用”只做更淺層次的理解，但對於權力與利益的貪婪，卻遠勝於當年的科場中人。張之洞入廷樞後寧可摒棄留日學生而改用翰林中人，後又在湖北設存古學堂保護國學，便是這種憂慮心態的寫照。

1909年七月，張之洞病。八月，病勢加重。攝政王載灃親至張家慰問，張之洞一片赤心，試圖利用最後的機會規勸載灃，促其幡然醒悟，以振朝綱，但載灃只是不痛不癢的說：“中堂有名望，公忠體國，好好爲國珍重”，張聽後，從枕蓆上掙扎着起來答道：“公忠體國不敢當，廉正無私，不敢不勉”，張之洞話中有話，意在諷諫載灃要“廉正無私”，不要任用親貴，可惜主政者渾渾噩噩，不以爲意，再多的言語不過雞同鴨講。載灃走後，陳寶琛問張之洞：“監國之意若何？”張長髯抖動，無他言，惟嘆息道：“國運盡矣！蓋冀一悟而未能也。”

當年，津浦鐵路督辦呂海寰、總辦李德順因強佔及廉價收購土地情事爲人蔘劾而連帶撤職，載灃在召見軍機大臣時提議由唐紹儀接任督辦，張之洞以爲不可，曰：“唐紹儀不洽輿情，未便繼任。”載灃冷笑道：“中堂以鄉紳重望，如以爲可，誰還能說不可。”張回奏稱：“朝廷用人，如不顧輿情，恐怕要激起民變。”載灃說：“有兵在，還怕什麼民變。”張憤然：“國家養兵，豈是用來打老百姓的？”君臣不歡而散。張之洞出而咳血，長嘆道：“不意聞亡國之言！”次日即病，不再入朝。

“國運盡矣！”就在載灃前來看望的當晚，大失所望的張之洞在說完最後一句話後溘然長逝，享年72歲。

臨終前，張之洞告誡護持病榻前的子孫們，“勿負國恩，勿墮家學，必明君子小人義利之辨，勿爭財產，勿入下流”。按張的幕僚辜鴻銘回憶，張家實則無財產可爭，張之洞歿後，“債累累不能償，一家八十餘口，幾無以爲生”。

張之洞在病危時已經寫好遺折，做最後一次進諫：“當此國步維艱，外患日棘，民窮財盡，百廢待興，朝廷方宵旰憂勤，預備立憲，但能自強不息，終可轉危爲安。……所有因革損益之端，務審先後緩急之序，滿漢視爲一體，內外必須兼籌，理財以養民爲本，恪守祖宗永不加賦之規，教戰以明恥爲先，無忘古人不戢自焚之戒，至用人養才尤爲國家根本至計，務使明於尊親大義，則急公奉上者自然日見其多。”

“滿漢一體，內外兼籌，教戰明恥，尊親大義”，字字珠璣無人理。從之後的歷史來看，張之洞的循循善誘並不起作用。當時的朝局，“親貴盡出專政，收蓄猖狂少年”，親貴掌權，實則爲“旗門掌權”，“滿人敢於爲此，實歸國留學生爲朝官者有以教之耳。”可惜的是，親貴不識時務，留學生不解國情，在帝國的變革越走越快、離心力也越來越大的情況下，已近衰亡的張之洞又能如何。