同治七年（1868年）七月，曾国藩调任直隶总督，这年十二月到次年二月，他在京城受到慈禧太后与同治皇帝的多次接见，并在国宴上列汉官之首，与满人大学士倭仁东西相对，享受了清廷的最高荣誉。然而，两年之后，曾国藩遇上了麻烦事，这让他的一生留下了洗不掉的污点。

　　同治九年（1870年）天津教案爆发。事情的起因是这样的，这一年的五月，天津法国天主教育婴堂所收养的婴儿不明不白地死亡达三十四人，而且老百姓中也有多起儿童失踪的案件。一时间，民间传闻四起，说这些婴儿被教堂的神父和修女们挖眼剖心，而天主教坟地的婴儿尸体又有不少暴露在野外被野狗刨出来吃了。

　　6月18日，一个叫武兰珍的人贩子被群众当堂抓住并由民间组织进行审讯。武兰珍招供是受教民、天主堂华人司事王三指使，迷药也是王三所授，拐一人可获洋银5元。王三本是一个开药铺的商人，但经常依仗教会的势力，欺压良善，早已引起公愤。

　　在这种情况下，驻天津的三口通商大臣崇厚与天津道周家勋共同拜会了法国领事丰大业，要求调查法国天主教堂并提审王三与武兰珍对质。

　　结果王三与武兰珍对质后，证明教堂并无挖眼剖心之事。谁想王三在返回教堂之时，被百姓们蜂拥而上一顿暴揍，丰大业两次派人要求崇厚镇压，但是崇厚不肯抓人，丰大业怒不可遏，自己跑到三口通商衙门找崇厚算账，他脚踢衙署大门，进门后又打砸家具，而且还两次向崇厚开枪，幸亏没伤到人。

　　丰大业离开通商衙门后，在路上遇见天津知县刘杰，不分青红皂白就向刘杰开枪，打伤了刘杰的跟班，这立即激怒了在场的群众，丰大业被百姓当场打死，紧接着又放火烧了教堂以及很多外国人的房屋。在纷乱中总共杀死外国人20人，烧毁教堂6座，这就是“天津教案”。

　　事件发生后，清廷当局和驻华的各外交使团都为之震动，除了法国公使为此向清政府提出抗议与威胁外，英、美、俄、意等国也联合向清廷提出抗议，并声言要派军舰来。因此，朝廷立即派驻保定的直隶总督曾国藩接手此案。

　　对于处理天津教案，曾国藩首先定下的原则是不与主要当事国法国开启战端，并先对英国、美国和俄国所受的财产与人员损失进行赔偿，然后再单独与法国谈。当时朝廷对于处理天津教案存在分歧，一派认为是愚民无知，错在天津民众；另一派则认为天津百姓只知畏官而不知惧洋，只知效忠国家而不惜以身犯洋。对参与反洋教斗争的群众的处理意见，前者认为杀人偿命天经地义；后者认为应当安抚百姓，以激起奋发之心。

　　曾国藩当时对天津教案的处理持第一种意见。到达天津后，曾国藩就立即发布《谕天津士民》，对天津百姓多方指责，警告不得再挑起事端。这首先就引起了士绅们的不满，随后曾国藩又释放了犯法教民与涉案的人贩。

　　随后，曾国藩向朝廷呈上《查明天津教案大概情形折》，认为教堂并没有在中国干什么坏事，他没有抓住丰大业首先开枪是造成天津教案的直接导火索这一点，就在7月下旬发出“严立限期，昼夜追求”“以命抵命”的通告。

　　也就是说，曾国藩在没有查清案情的时候，荒谬地先定下要杀多少人抵命，所以审理结果是要杀已经先定下的数目20人，充军25人，天津知府和知县被革职流放黑龙江。

　　这种处理结果不但在天津引起公愤，口诛笔伐，并使全国舆论都为之哗然，声讨曾国藩的舆论浪潮顿时在全国掀起，连他的老家湖南都把他骂的一无是处。一个湖南人写了一副对联来挖苦曾国藩：

　　杀贼功高，百战余生真福将；

　　和戎罪大，早死三年是完人。

　　由于处理天津教案引起了巨大的舆论指责，无奈之下，朝廷再次让李鸿章接替曾国藩任直隶总督。同治九年七月，两江总督马新贻遇刺身亡，外传与湘军有关，朝廷仍命曾国藩回任两江总督查明马新贻被刺案。

　　因为在天津教案中处理不当，被称为一代完人的曾国藩落下了卖国叛敌的骂名，至于事实是否如此，我们不好判断，但此举的确给曾国藩带来了巨大的负面影响，也留下了一生抹不去的污点。