同治七年（1868年）七月，曾國藩調任直隸總督，這年十二月到次年二月，他在京城受到慈禧太后與同治皇帝的多次接見，並在國宴上列漢官之首，與滿人大學士倭仁東西相對，享受了清廷的最高榮譽。然而，兩年之後，曾國藩遇上了麻煩事，這讓他的一生留下了洗不掉的污點。

　　同治九年（1870年）天津教案爆發。事情的起因是這樣的，這一年的五月，天津法國天主教育嬰堂所收養的嬰兒不明不白地死亡達三十四人，而且老百姓中也有多起兒童失蹤的案件。一時間，民間傳聞四起，說這些嬰兒被教堂的神父和修女們挖眼剖心，而天主教墳地的嬰兒屍體又有不少暴露在野外被野狗刨出來喫了。

　　6月18日，一個叫武蘭珍的人販子被羣衆當堂抓住並由民間組織進行審訊。武蘭珍招供是受教民、天主堂華人司事王三指使，迷藥也是王三所授，拐一人可獲洋銀5元。王三本是一個開藥鋪的商人，但經常依仗教會的勢力，欺壓良善，早已引起公憤。

　　在這種情況下，駐天津的三口通商大臣崇厚與天津道周家勳共同拜會了法國領事豐大業，要求調查法國天主教堂並提審王三與武蘭珍對質。

　　結果王三與武蘭珍對質後，證明教堂並無挖眼剖心之事。誰想王三在返回教堂之時，被百姓們蜂擁而上一頓暴揍，豐大業兩次派人要求崇厚鎮壓，但是崇厚不肯抓人，豐大業怒不可遏，自己跑到三口通商衙門找崇厚算賬，他腳踢衙署大門，進門後又打砸傢俱，而且還兩次向崇厚開槍，幸虧沒傷到人。

　　豐大業離開通商衙門後，在路上遇見天津知縣劉傑，不分青紅皁白就向劉傑開槍，打傷了劉傑的跟班，這立即激怒了在場的羣衆，豐大業被百姓當場打死，緊接着又放火燒了教堂以及很多外國人的房屋。在紛亂中總共殺死外國人20人，燒燬教堂6座，這就是“天津教案”。

　　事件發生後，清廷當局和駐華的各外交使團都爲之震動，除了法國公使爲此向清政府提出抗議與威脅外，英、美、俄、意等國也聯合向清廷提出抗議，並聲言要派軍艦來。因此，朝廷立即派駐保定的直隸總督曾國藩接手此案。

　　對於處理天津教案，曾國藩首先定下的原則是不與主要當事國法國開啓戰端，並先對英國、美國和俄國所受的財產與人員損失進行賠償，然後再單獨與法國談。當時朝廷對於處理天津教案存在分歧，一派認爲是愚民無知，錯在天津民衆；另一派則認爲天津百姓只知畏官而不知懼洋，只知效忠國家而不惜以身犯洋。對參與反洋教鬥爭的羣衆的處理意見，前者認爲殺人償命天經地義；後者認爲應當安撫百姓，以激起奮發之心。

　　曾國藩當時對天津教案的處理持第一種意見。到達天津後，曾國藩就立即發佈《諭天津士民》，對天津百姓多方指責，警告不得再挑起事端。這首先就引起了士紳們的不滿，隨後曾國藩又釋放了犯法教民與涉案的人販。

　　隨後，曾國藩向朝廷呈上《查明天津教案大概情形折》，認爲教堂並沒有在中國幹什麼壞事，他沒有抓住豐大業首先開槍是造成天津教案的直接導火索這一點，就在7月下旬發出“嚴立限期，晝夜追求”“以命抵命”的通告。

　　也就是說，曾國藩在沒有查清案情的時候，荒謬地先定下要殺多少人抵命，所以審理結果是要殺已經先定下的數目20人，充軍25人，天津知府和知縣被革職流放黑龍江。

　　這種處理結果不但在天津引起公憤，口誅筆伐，並使全國輿論都爲之譁然，聲討曾國藩的輿論浪潮頓時在全國掀起，連他的老家湖南都把他罵的一無是處。一個湖南人寫了一副對聯來挖苦曾國藩：

　　殺賊功高，百戰餘生真福將；

　　和戎罪大，早死三年是完人。

　　由於處理天津教案引起了巨大的輿論指責，無奈之下，朝廷再次讓李鴻章接替曾國藩任直隸總督。同治九年七月，兩江總督馬新貽遇刺身亡，外傳與湘軍有關，朝廷仍命曾國藩回任兩江總督查明馬新貽被刺案。

　　因爲在天津教案中處理不當，被稱爲一代完人的曾國藩落下了賣國叛敵的罵名，至於事實是否如此，我們不好判斷，但此舉的確給曾國藩帶來了巨大的負面影響，也留下了一生抹不去的污點。