做爲臨牀上最早應用於抑制胃酸分泌的質子泵抑制劑，奧美拉唑一直都是因胃酸分泌過多而導致的胃腸道疾病的首選藥物，但是奧美拉唑也是有副作用的，長期使用有可能會導致胃黏膜功能受損、胃粘膜萎縮，從而引發慢性萎縮性胃炎、B族維生素缺乏症、巨幼細胞性貧血、缺鐵性貧血。

在臨牀上，奧美拉唑由於抑制了胃酸的分泌，導致胃酸減少，因此與一些在酸性環境下才能夠被人體分解及吸收的藥物無法被人體正常吸收，導致了這些藥物發揮不了作用，因此應避免此類藥物合用，如四環素、氨苄西林、酮康唑、伊曲康唑、補血劑及鉍劑等。

與酮康唑等抗真菌藥物同用時，因奧美拉唑具有抑制肝藥酶的活性，有可能會導致奧美拉唑的血藥濃度升高，增加奧美拉唑的肝毒性。

與抗血小板聚集藥物同用時，則有可能會引發消化道出血，如氯吡格雷。

另一方面由於奧美拉唑是通過肝藥酶CYP2C19進行代謝的，因此對於華法林、安定、苯妥英鈉等藥物具有增強作用的效果，極易引發這些藥物的副作用。

另外一些吸附性較強的藥物，如活性炭、碳酸鎂鋁、蒙脫石散等，與奧美拉唑同用時，會將奧美拉唑也吸附過去，因此也不可以同時服用。