1876年4月——1878年1月，左宗棠指揮西征軍僅用了1年多的時間，就收復了除伊犁以外的新疆領土。

這時候，是乘勝追擊，一鼓作氣地進攻伊犁嗎？

左宗棠體現出了一名傑出政治家的智慧，他收復了除伊犁之外的新疆全境後，按兵不動。這是因爲，當初俄國派兵侵佔伊犁後，在清朝的抗議下，俄國駐華公使不得不對清朝總理各國事務衙門發了一份外交照會，稱：“只因回亂未靖，代爲收復，權宜派兵駐守，俟關內外肅清，烏魯木齊、瑪納斯各城克服之後，當即交還。”意思是說，只要清朝收復了烏魯木齊、瑪納斯等地，俄國就會將伊犁還給清朝。

針對此，左宗棠提出，既然俄國留下了外交談判的渠道，那麼就不妨先走外交談判這條路。清廷同意了左宗棠的意見，任命盛京將軍崇厚爲出使俄國大臣，到俄國去就伊犁問題進行外交談判。崇厚在俄國談判代表的恫嚇之下，竟然擅自與俄國簽訂了《里瓦幾亞條約》，答應了俄國方面提出的“通商、劃界、賠款”幾乎所有要求，使中國喪失了伊犁以外的大片領土。

消息傳出，朝野譁然。

左宗棠怒不可遏，在給朝廷的奏摺裏說：“武事不競之秋，有割地求和者矣。茲一矢未加，乃遽議捐棄要地，饜其所欲，譬由投犬以骨，骨盡而噬仍不止。目前之患既然，異日之憂曷極！此可爲嘆息痛恨者矣！”

朝廷清流官員張之洞、王仁堪等人也紛紛彈劾崇厚。慈禧太后被左宗棠等人說服，將崇厚革職入獄，定斬監候，改派曾國藩的次子曾紀澤前往俄國，重新開展外交談判。

俄國人當然不願意重新談判。這就意味着，煮熟的鴨子飛走了，以前的功夫白費了。所以，曾紀澤到了俄國後，受到了俄國方面的冷遇。事情就僵持在這裏。

左宗棠見到這種情況，知道該自己出手了。

1880年，左宗棠指揮西征軍兵分三路，分別由劉錦棠、張曜、金順率領，直逼伊犁。他本人將大本營從肅州搬到哈密。爲表示與敵人決一死戰的氣概，左宗棠隨身攜帶了一口棺材，揮師西進。

左宗棠抵達哈密後，駐紮在城西鳳凰臺，運籌帷幄，修築糧食運送的道路，發動軍民屯田墾荒，加緊對部隊進行訓練，做好與俄國決戰，強行收回伊犁的準備。

俄國並不想與清朝發生大規模衝突，卻做出了一系列軍事部署，包括增兵伊犁，派遣軍艦在海上游弋，以此來訛詐清朝，就如俄國談判代表若米尼在給外交大臣吉爾斯的信中所言：“我們只進行一種表面上的示威，因爲我們最大的願望是不執行它。”

身處前線的左宗棠，沒有被俄國人嚇到；倒是在京城的慈禧太后、李鴻章等人，害怕戰爭的爆發。當年8月11日，朝廷下詔，將左宗棠召回京城。左宗棠無奈之下，只好將西征軍的指揮權交給劉錦棠，自己千里迢迢回到京城。

左宗棠一走，俄國談判代表就打聽到了消息。他們在談判桌上小心翼翼地向曾紀澤求證。曾紀澤早已知道這件事，卻鎮靜自若，眼皮也不抬地回答：“這是謠言。”俄國談判代表信以爲真，不敢在談判中漫天要價。

1881年2月24日，曾紀澤與俄國訂立了《中俄伊犁條約》和《陸路通商章程》。清朝收回伊犁九城及特克斯一帶地方，但要賠償俄國兵費900萬盧布，且被割去了伊犁霍爾果斯河以西之領土。

雖然，這不是最好的結果，但對於積貧積弱的中國來說，已經很難得了。左宗棠用4個字評論：“差強人意。”

很明顯，左宗棠不太滿意這個結果，卻又無可奈何。