随着1569年“卢布林联合法令”的通过，整个联邦真正成为了一个整体，同时也大大推动了将整个立陶宛的土地向波兰的什拉赫塔开放，也进一步将整个白俄罗斯和鲁塞尼亚的土地和财富并入到国家之中。与此同时，对东北的邻居——同俄罗斯的战争也不是立陶宛单方面的事情了，而是整个联邦的事情。

在1578年到1582年期间，斯特凡·巴托雷国王率领的联邦军队在多次战役中收回了在1514年伊凡四世从立陶宛夺走的部分地区，从而保护了利沃尼亚和波洛茨克。而巴托雷将大部分的成功归功于他的首相兼军事统领杨·扎莫伊斯基，这位全波兰最富有的权贵。扎莫伊斯基可以被称作波兰的“黎塞留”，他努力维持着国家法律的执行，同时也提拔了一大批军事与政治人才，让他们为国效力，而他的这些措施所带来的积极影响将在下一任国王——齐格蒙特三世身上完美展现。

齐格蒙特三世统治期间，联邦的死地——俄罗斯陷入了“动乱时代”，沙皇鲍里斯·戈东诺夫被处死，国内政局极度动荡。于是在1606年5月齐格蒙特三世开始入侵俄罗斯并设立了一个又一个“伪沙皇”，对俄罗斯进行武装干涉，并最终在1610年迫使俄罗斯波雅尔们选举他的15岁儿子瓦迪斯瓦夫为沙皇，1610年9月，波兰军队正式进驻莫斯科，但受到当地人但强烈抵抗，一直到1613年米哈伊尔·罗曼诺夫当选为沙皇并团结起俄罗斯人民后才将波兰军队驱逐出去，但最后也不得不在1634年签订《普兰诺夫合约》将斯摩棱斯克划给波兰。

但此时，国内贵族的独立性以及民族复杂性的弊端日益显现，首先便是在1620年波兰军事将领斯坦尼斯瓦夫袭击奥斯曼土耳其，目的只为保住一位摩尔多瓦大公的位置，结果遭受惨败，这一军事行为严重破坏了两国间的关系，导致在雅盖洛王朝时期两国宫廷间的友好关系不复存在。但对整个联邦影响最大的莫过于之后的哥萨克叛乱，也就是“大洪水”。

17世纪的波兰境内有众多哥萨克人，他们常常是贵族们掠夺邻国财富以及对抗大草原上鞑靼人的重要工具，但由于他们实在难以控制，于是联邦决定对他们进行登记入册，但实际上直到1637年也只登记了6000人，很明显这数据是不准确，这使得什拉赫塔们也失去了登记他们的热情，转而采用一种更直接的手段——限制权利。许多政府职位有了明确的宗教限制，这使得信仰东正教的许多哥萨克人彻底沦为了二等公民，他们为国家出征，还要背负徭役，却又无法获得同等待遇，最终危机在1647年8月爆发，那便是赫麦尔尼茨基起义。他煽动乌克兰大部分哥萨克人加入起义中，并建立起哥萨克酋长国，并在1648年5月击败了波兰那仓促建起的军队。此时的俄罗斯也看中了机会，1654年通过《比列亚斯拉夫合并条约》将哥萨克酋长国并入到沙皇阿列克谢的保护下，同时率军入侵立陶宛。另一方面，瑞典的查理十世攻破华沙，波兰国王杨·卡齐米日二世仓促逃亡，而勃兰登堡公国也乘机将普鲁士从联邦中分离出来。

此时仿佛国家即将灭亡，但联邦内的波兰人、立陶宛人和剩下的乌克兰人重新团结起来并发动大规模的起义，并最终在1655年12月的琴斯托霍瓦的天主教圣地明山保卫战中取得决定性胜利。同时奥地利和丹麦也对瑞典的强大产生警惕并加入到战争中，在1657年12月，波兰与克里米亚汗国联军击退了俄国军队，1657年秋天同丹麦击败了瑞典。但这代价是惨重的，1657年《韦拉瓦条约》使联邦放弃了普鲁士，1660年《奥利瓦合约》使杨·卡齐米日二世失去瑞典王位的主张，1667年同俄国的和谈中失去了第聂伯河以东的土地和基辅。