多尔衮虽然同意立福临为帝，但对于皇位，他仍然心存向往。虽然此时他任摄政王，实权又打鱼济尔哈朗，可谓一人之下，万人之上，把控着大清的军政大权，但毕竟与亲自当皇帝不同。

多尔衮的权利欲望不断膨胀，借摄政王之权开始在朝廷中不断排除异己，顺治帝也因此成了傀儡。顺治帝的长兄即肃亲王豪格在1644年，即顺治元年就被罗织罪名，废为庶人，囚禁致死，其福晋被多尔衮收入王府。与他同居辅政王之位的济尔哈朗，尽管一早就拱手将权力让出，知趣地壁居家中，但终因附依过豪格而于1647年被免职，第二年又降为郡王。多尔衮当时唯一与皇帝不同的，只是一个头衔而已。

孝庄太后此时也看出如果任由多尔衮发展下去，迟早造成大患。对于多尔衮的步步紧逼，孝庄首先采取的是隐忍、退让、委曲求全的态度。她一方面给予多尔衮更多的赏赐以及言语安抚，积极地拉拢多尔衮，尽一切可能让他放松警惕，以解除福临和大清王朝的危机。后来顺治改称多尔衮“皇父摄政王”，更表现出孝庄的勇气和魄力。另一方面，孝庄自己也积极地辅佐儿子管理朝政。她进行了一系列的政事安排，而且积极支持满汉并用。他清楚地看到，在这个以汉人为主的江山面前，如果只用清人而放弃汉人就不可能真正治理天下的。

顺治七年（1650年），如日中天的多尔衮突然患病而亡，被迫封为“诚敬义皇帝”，用皇帝丧仪。不管多尔衮因何而死，但顺治帝至此终于拿回了原本就属于自己的权利。多尔衮病亡不到两月，有人告发他早就心存篡位之图谋，顺治帝顺水推舟，朝廷宣布多尔衮“谋篡大位”等种种罪状，下令抄其家并废除其一切荣衔，削爵毁墓并撤去太庙牌位，此外还清洗了多尔衮一干党羽。

在很长一段时间内，“反清复明”的声音从没有停止，动乱时时发生，在一定程度上威胁着清政权你。为笼络汉人，孝庄太后大力拉拢汉人臣子，与吴三桂联姻，封平南王，孔有德女儿为郡主，等等。同时，孝庄太后非常重视百姓疾苦，从不徇私，又能严惩贪官，减免百姓赋税，尽心尽力推进国家的发展。虽然此时的清政权并非固若磐石，但至少良性发展着。

清太祖努尔哈赤在位时定下满蒙联姻的既定国，策鉴于蒙古八旗在清政权建立过程中立下汗马功劳，蒙古王公在清廷政治生活中分量极重。为确保这种关系代代相传，维护自己家的特殊地位，福临继位不久，孝庄就册立自己的侄女、蒙古科尔沁贝勒吴克善的女儿博尔吉特氏为皇后。

帝王的婚姻自古以来便带有政治色彩，但是福临偏偏是个性情中人，喜欢以自己的喜好对待自己的皇后。皇后博尔吉特氏虽然聪明、漂亮，但生活奢侈，而且嫉妒心极强，福临对此不能容忍，没过多久就坚决要求另立皇后。而对大臣的屡次谏阻，他仍然坚持己见，毫不退让。孝庄见儿子这里实在没有回转余地，只好降皇后为静妃，改居侧宫。为了消除随之而来的消极政治影响，孝庄又选择蒙古科尔沁多罗多贝勒侄女博尔济吉特氏进宫为妃，但福临对这位来自草原的漂亮姑娘同样不感兴趣。

福临最喜欢的是董鄂妃，对她的感情几乎到了无以复加的地步。但此时形式不允许福临改立董鄂妃为皇后，因为蒙古女人失去后宫主位，满蒙关系势必受到影响，大清帝国的立国之基将被撼动，所以孝庄毫不犹豫地在立后一事上压制儿子。这种微妙紧张的母子婆媳关系持续了五六年，幸而多年的政治经验和坚毅的性格令孝庄始终维持着一种平衡，清政权才不致因后宫的倾轧而发生动摇。

顺治十四年（1657年）的十月，董鄂氏产下一子，4个月后不幸夭折，董鄂氏因此抑郁成疾，宫廷矛盾斗争带来的精神负担又使她更加虚损赢弱，3年后哦董鄂氏即病逝。顺治帝遭此打击也精神颓丧，未出半年便患天花而逝，年仅二十四岁。