多爾袞雖然同意立福臨爲帝，但對於皇位，他仍然心存嚮往。雖然此時他任攝政王，實權又打魚濟爾哈朗，可謂一人之下，萬人之上，把控着大清的軍政大權，但畢竟與親自當皇帝不同。

多爾袞的權利慾望不斷膨脹，借攝政王之權開始在朝廷中不斷排除異己，順治帝也因此成了傀儡。順治帝的長兄即肅親王豪格在1644年，即順治元年就被羅織罪名，廢爲庶人，囚禁致死，其福晉被多爾袞收入王府。與他同居輔政王之位的濟爾哈朗，儘管一早就拱手將權力讓出，知趣地壁居家中，但終因附依過豪格而於1647年被免職，第二年又降爲郡王。多爾袞當時唯一與皇帝不同的，只是一個頭銜而已。

孝莊太后此時也看出如果任由多爾袞發展下去，遲早造成大患。對於多爾袞的步步緊逼，孝莊首先採取的是隱忍、退讓、委曲求全的態度。她一方面給予多爾袞更多的賞賜以及言語安撫，積極地拉攏多爾袞，盡一切可能讓他放鬆警惕，以解除福臨和大清王朝的危機。後來順治改稱多爾袞“皇父攝政王”，更表現出孝莊的勇氣和魄力。另一方面，孝莊自己也積極地輔佐兒子管理朝政。她進行了一系列的政事安排，而且積極支持滿漢並用。他清楚地看到，在這個以漢人爲主的江山面前，如果只用清人而放棄漢人就不可能真正治理天下的。

順治七年（1650年），如日中天的多爾袞突然患病而亡，被迫封爲“誠敬義皇帝”，用皇帝喪儀。不管多爾袞因何而死，但順治帝至此終於拿回了原本就屬於自己的權利。多爾袞病亡不到兩月，有人告發他早就心存篡位之圖謀，順治帝順水推舟，朝廷宣佈多爾袞“謀篡大位”等種種罪狀，下令抄其家並廢除其一切榮銜，削爵毀墓並撤去太廟牌位，此外還清洗了多爾袞一干黨羽。

在很長一段時間內，“反清復明”的聲音從沒有停止，動亂時時發生，在一定程度上威脅着清政權你。爲籠絡漢人，孝莊太后大力拉攏漢人臣子，與吳三桂聯姻，封平南王，孔有德女兒爲郡主，等等。同時，孝莊太后非常重視百姓疾苦，從不徇私，又能嚴懲貪官，減免百姓賦稅，盡心盡力推進國家的發展。雖然此時的清政權並非固若磐石，但至少良性發展着。

清太祖努爾哈赤在位時定下滿蒙聯姻的既定國，策鑑於蒙古八旗在清政權建立過程中立下汗馬功勞，蒙古王公在清廷政治生活中分量極重。爲確保這種關係代代相傳，維護自己家的特殊地位，福臨繼位不久，孝莊就冊立自己的侄女、蒙古科爾沁貝勒吳克善的女兒博爾吉特氏爲皇后。

帝王的婚姻自古以來便帶有政治色彩，但是福臨偏偏是個性情中人，喜歡以自己的喜好對待自己的皇后。皇后博爾吉特氏雖然聰明、漂亮，但生活奢侈，而且嫉妒心極強，福臨對此不能容忍，沒過多久就堅決要求另立皇后。而對大臣的屢次諫阻，他仍然堅持己見，毫不退讓。孝莊見兒子這裏實在沒有迴轉餘地，只好降皇后爲靜妃，改居側宮。爲了消除隨之而來的消極政治影響，孝莊又選擇蒙古科爾沁多羅多貝勒侄女博爾濟吉特氏進宮爲妃，但福臨對這位來自草原的漂亮姑娘同樣不感興趣。

福臨最喜歡的是董鄂妃，對她的感情幾乎到了無以復加的地步。但此時形式不允許福臨改立董鄂妃爲皇后，因爲蒙古女人失去後宮主位，滿蒙關係勢必受到影響，大清帝國的立國之基將被撼動，所以孝莊毫不猶豫地在立後一事上壓制兒子。這種微妙緊張的母子婆媳關係持續了五六年，幸而多年的政治經驗和堅毅的性格令孝莊始終維持着一種平衡，清政權纔不致因後宮的傾軋而發生動搖。

順治十四年（1657年）的十月，董鄂氏產下一子，4個月後不幸夭折，董鄂氏因此抑鬱成疾，宮廷矛盾鬥爭帶來的精神負擔又使她更加虛損贏弱，3年後哦董鄂氏即病逝。順治帝遭此打擊也精神頹喪，未出半年便患天花而逝，年僅二十四歲。