秦瓊投降李唐之後，協助李世民南征北戰建功立業，確實頗有功勳。公元626年7月2日，秦王李世民發動玄武門之變。根據資料記載，李世民提前率領秦王府心腹將領多人，封鎖消息，嚴陣以待，披堅執銳，埋下伏兵，並一舉手刃李建成和李元吉，逼迫高祖李淵退位，奪得帝位。

然而，出現了秦瓊是否參加玄武門之變的爭議，這主要是新舊唐書裏記載矛盾，在《舊唐書·長孫無忌傳》中並無秦瓊身影，導致形成了參與派和退隱派兩個陣營。

正史中的參與者名單，一共有三份。其中兩份出自新、舊《唐書.長孫無忌傳》，開列的有尉遲敬德、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗等九人。這些人都是清一色的武將，且大多名不見經傳。從正史中記載的敬德手刃元吉，以及現存的杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗等人的墓誌碑刻，可以肯定，此九人是政變現場的直接殺戮者。

另一份名單，出自《舊唐書.太宗夲紀》，也是引起人們爭論的根源。他們是：長孫無忌、尉遲敬德、房玄齡、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知節、秦叔寶、段志玄、屈突通、張士貴等十二人。不難看出，這份名單彙集了當時名氣很大的文臣武將和遺臣新貴。那麼，這些人是否都參與了玄武門之變呢？

長孫、尉遲、房、杜、高士廉、侯君集自不必說，都是史載明確的直接謀劃和具體執行者。程、秦、段、屈、張的參與形式，其實可以從屈突通的安排上可見端倪。史書記載他“馳鎮洛陽”，也就是說負責外圍重鎮。所以完全可以斷定，秦、程等人作爲威名四方的大將，一定是率領勁卒鎮守京城要隘，或者是掃清外圍、攻打太子府老巢（有人猜測是讓秦瓊保衛家眷，依李世民的政治軍事頭腦，根本不會做那樣的傻事）。這從事寧之後的封食上也可以看出來：秦、程同拜左、右武衛大將軍，食封均爲七百戶。所以說，秦瓊一定是參與了玄武門之變的，這一點毋庸致疑！