江陰城抗清的首領最初是典史陳明遇和訓導馮厚敦。他們雖然有着滿腔熱血，卻苦於沒有軍事指揮能力。於是，找到了閒居於江陰城外的前任典吏閻應元。閻應元說：“你們能從我則可。不然，不爲你們主持。”衆人回答：“敢不惟命是聽？”

於是，閻應元便成爲江陰抗清首領。閻應元、陳明遇、馮厚敦，他們本來都是讀聖賢書的秀才出身，並不是行軍打仗的武將。可是，他們率領全城軍民頑強抵抗，打敗了清軍一次又一次的進攻。

最初，清軍沒有將這羣“烏合之衆”看在眼裏，派來的並非精銳力量。接二連三喫了敗仗後，清軍開始重視江陰了。他們派出了最精銳的八旗軍，軍隊總數多達20餘萬人，各式大炮200餘門。參與攻城的有後來晉封爲親王的博洛（端重親王）和尼堪（敬謹親王），以及恭順王孔有德。

江陰城依然巋然不動。最後，清軍集中200餘門大炮，在大雨的掩護下強行攻城，這才攻陷了城池。到這時爲止，閻應元、陳明遇、馮厚敦三人率部抵抗清軍達81天之久。

81天的血戰，他們共殺死清軍精銳7.5萬人，幹掉三個王爺、18個大將。

江陰全城軍民有10萬人，大部分戰死，少部分在城破後被清軍殺掉，僅53人躲在寺觀塔上保全了性命。