当1945年中国迎来惨烈的抗日战争胜利后，开始与同盟国一道搜捕与起诉日本战犯。其中参与1937年南京大屠杀的日本乙级战犯谷寿夫，于南京审判侵华日军战犯军事法庭上受审。谷寿夫遭捕后极力狡辩，坚称“我部是有文化有教养的军人。两军对垒造成的伤亡不可避免。至于百姓伤亡，可能是别的部队的士兵干的”，同时伪称南京中华门一带的居民早已于日军抵达前逃光，想撇清屠杀罪责，甚至在遭判决有罪后还想上诉。但在如山铁证前，谷寿夫最终仍于1947年4月26日被捕至南京雨花台枪决，结束其罪恶的生命。

早于1942年战争结束以前，同盟国就已着手搜集战争罪证，预备于战后追究轴心国责任，中国外交部也同步展开相关工作，并于1944年2月由行政院核定成立“敌人罪行调查委员会”。迨抗战胜利后，除了同盟国主持的东京大审判之外，中国自1945年12月起也在境内的南京、汉口、上海、广州、济南、沈阳、太原、北平、徐州、台北等十个城市设立战犯审判法庭，负责审理乙级与丙级战犯。国民政府随后公布《战争罪犯处理办法》、《战争罪犯审判办法》、《战争罪犯审判办法施行细则》作为审理依据，并向盟军递交战犯名单。然而，作为发动侵华战争的主要人物─日本裕仁天皇与中国派遣军总司令官冈村宁次，却在国民政府与美国的私心之下被纵放，这不能不说是最大的错误，同时也令日本在战后无法与受害最深的中国、韩国一同对战争持谴责批判的态度，反省自身罪责，使历史问题始终横亘在中日、韩日之间，成为彼此正常交往的阻碍，也让日本国内的极右翼势力仍不时想开脱二战罪责，致使受害者极度愤慨。

原本在国民政府与美国的构想内，裕仁天皇是罪无可逭的“头号战犯”。根据国民政府外交部机密档案，1945年6月军令部第二厅第一处制作的《侵战以来敌国主要罪犯调查表》，裕仁天皇就赫然列于首位，罪行栏上直接标注“侵战罪魁”。美国也于同年11月的参谋联席会议上，敦促驻日盟军总司令麦克阿瑟尽快搜集罪证，表明日本天皇不能豁免。显然，裕仁天皇的战犯定位是中美共同认证，并非中国的一家之言。

但是麦克阿瑟考虑到保留天皇有助于重建日本，加上为了抵制主张审判日本天皇的苏联，竟回答“把他毁灭，这个国家将瓦解”，声称废除天皇会使日本大分裂，反而要耗费百万军队来维持秩序。还有驻日盟军总部的将领私下向日本海军大臣米内光政透露如何抵制苏联等国：“最好的方法是日方能够证明天皇没有任何罪过，为此最近要开始的裁判（指东京大审判）是最好的机会，特别是在该项裁判，能使东条（英机）负起全部的责任”，打算将全部的战争罪责全推给首相东条英机一肩扛起，也极力避免裕仁天皇出席法庭担任证人，就是想让日本天皇参与过侵略战争的痕迹全抹得一干二净。

而中国方面，由于蒋介石自开罗会议时，便提议日本国体由“日本新进的觉悟分子来解决”，不谋求直接废除天皇制。加上蒋介石发现英美与苏联私订《雅尔塔密约》出卖中国权益后，对付可能渗透东北和新疆的苏联、以及准备争夺日军受降的共产党，反而成为当务之急。加上察觉美国对日惩处和求偿的态度随着制衡苏联而不再积极，中国也无力与之争执，因此国民政府不仅不再追究裕仁天皇，甚至提交的战犯名单也集中于进行特务活动、杀戮军民的日本军官，如策动九一八事变的土肥原贤二、板垣征四郎、本庄繁等人，但主导侵华的日本政府高官便多未列入。

蒋介石本人在广播演说《抗战胜利告全国军民及全世界人士书》提及的“不念旧恶”，也被引申为“以德报怨”的对日宽大方针，借以争取在华日军和战后日本政府的合作。1946年10月，国民政府国防部第二厅于战犯处理委员会上，甚至决议“对日应高瞻远瞩，处理战犯宜从大处着眼，不必计较小节，并迅速结束战犯处理业务”，还指示若东京审判里有与中国相关的战犯，也暂时不要求引渡。而更惹人非议的还有这条：“对于此次受降，日军负责执行命令之尽职人员而有战罪者之处理，俟东京战犯审判告一段落后，再行决定”，无非是替在役日本军官的脱罪提供最佳借口。

这样的对日处置原则，使得遭国民政府判罪的日本战犯人数比其余盟国少。根据统计，至1949年初，中国10所军事法庭拘留的日本战犯仅2,000多人，判处死刑的才145名，只占盟国处死的日本乙级战犯总数六分之一左右；有期与无期徒刑者300名，余下战犯不是没被起诉、就是被宣告无罪、或直接遣送回日本。对比日本残杀的大量中国生灵，这样的判决人数和结果，实在太过稀少、太过轻微，更无法令日本政府与军方有深切的悔悟。

尤其是被上海《大公报》指为“中国战区天字第一号战犯，就是不要审问，也可以判处极刑”的冈村宁次，竟遭蒋介石授意免罪。作为日本侵华陆军总司令官的冈村宁次，起初在日本战败之际还倨傲不已，面对中国陆军副参谋长冷欣进驻南京命其投降的要求，竟以冷欣军阶没自己高为由拒绝，要冷欣自己来见他。同时，冈村宁次又狡猾地向蒋介石宣称还没接到天皇诏令，如果接令的话只会向蒋介石缴械。这让担心中共捷足先登受降的蒋介石顿时安心不已。

此外，何应钦、陈诚、白崇禧等人也极力维护配合国府的冈村宁次，何应钦于1945年9月称：“现在我国境内尚有日军一百零九万人，如骤将冈村列入罪犯公开发表，对于缴械事宜恐有影响也”。陈诚也于1946年7月请求蒋介石道：“冈村宁次实能格遵中央命令，贯彻统帅意旨，令饬日军拒绝奸匪接收缴械，坚守防地，确保各地交通线路，国军得以顺利接收。其后对于日本官兵善后一切处置，均能服膺命令，秉承我方意旨办理，颇着成绩。权衡功罪，似可从宽予以审处，以示恩信。”蒋介石因此指示宽待冈村宁次，甚至面对东京盟军总部传来解送冈村宁次返日受审的要求，也设法以冈村宁次健康不佳为由推托。但实际上冈村宁次关押在上海时健康无虞，对自身罪责更是毫无悔意。当出席审判时，冈村甚至叫嚣裕仁天皇、东条英机、近卫文麿等领导阶层皆非侵华主谋，战争只是少数军人（军部）所发动，跟自己更是毫无关联。最后在蒋介石的密令下，负责审判的法官石美瑜不得不宣告冈村宁次无罪释放。

这样的判决结果不仅举国哗然，连冈村宁次自己也很诧异，回忆称：“对我的判决，军方以外各方面有的主张判无期徒刑，石审判长曾拟判徒刑7年，我自己也希望如此判处。实际上由于种种条件即使服刑也等于零，但做做表面文章也好”，没想到国民政府连表面文章也不做。蒋介石和阎锡山甚至吸收冈村宁次为国共内战的助手，命其私下召集日本退役军人组成以富田直亮为首的顾问团“白团”，负责训练国军反共。比起多年抗日造成的惨重损失，国民党更在乎战后中共不断扩大军队和解放区所带来的威胁，因此冈村宁次的罪责就在如此私心下遭纵放，国民政府也由此大失民心，种下日后溃败的根由。

至于日本自己面对美国和国民政府的“宽宏大量”又是如何看待呢？从日本最初为了避免盟军危及天皇制度所做的举措，可略见端倪。当时日本打算自行先处置一批高官作为应付之用，然而裕仁天皇却称“虽然这些人被盟国认定为是战犯，从帝国的观点来看，他们是忠诚的臣民”，显见日本根本没意识到发动战争的错误，也不可能自行清除罪责。1945年10月，日本新任首相币原喜重郎甚至向记者声称“国民政府对中日战争亦应负责，因其不能阻止反日事件之发生”，更是完全没承认侵略的恶劣表现。尤其是裕仁天皇被豁免后，其余受审的日本官兵更是被日本社会视为天皇的替罪羊，自然不会有任何反省之意。

被保全的日本天皇，加上其他恣行侵略的高官、一个接一个在美国的保护下减刑和复出政坛后，日本的不平心理反而日趋愤懑，认为自己不过是受战胜国欺凌的战败国，发动侵华战争，和欧美自工业革命以来的帝国主义殖民行为相比，也无任何特殊性，凭什么要不停道歉？因此和德国相较，日本政府至今都不肯彻底承认二战罪行与赔偿问题，甚至不时想美化慰安妇，或指控南京大屠杀纯属“虚构”。而这一切的根源，都来自美国与国民政府反共反苏的盘算，没在最适当的时刻彻底清除日本战争结构与罪责，只想援引日本为己用，致使日本部分历史教科书都未得到纠偏。因此若要清算日本二战的罪恶，除了针对日本右翼分子之外，轻纵战犯的美国与国民党政府也难逃干系。