中華民國南京臨時政府的建立和運行，其所依據的1911年11月各省都督府代表聯合會制定的《中華民國臨時政府組織大綱》。其中規定：臨時大總統對於參議院議決事件，如不以爲然，得於呈報後十日內聲明理由，交令複議。參議院對於複議事件，如有到會參議員三分之二以上仍執前議時，臨時大總統須頒發執行。此即所謂總統制政體中的總統否決權。孫中山在任中華民國南京臨時政府大總統的期間，曾三次依此法行使否決權，留下了民國初建之時國家最高權力機構依法運行的記錄。

否決以五色旗爲國旗的議案

武昌起義爆發後，湖北革命黨人使用的是十八星旗，江浙地區在宣佈獨立後，則普遍使用了紅黃藍白黑五色旗。1911年12月4日，在上海江蘇教育總會召開了共和聯合會大會上，陳其美、程德全、湯壽潛等人與留在上海的各省都督府代表聯合會的部分代表商定，以五色旗爲中華民國國旗。他們認爲，此旗“既可表明革命行爲係爲政治改造而起，非專爲種族革命；又能緩和滿、蒙、回、藏各族的心理，與漢人共同努力贊助共和。”此議沒有遇到任何反對意見，此外，還確定以青天白日旗爲海軍旗，以十八星旗爲陸軍旗，並將圖案刊佈於報端。

中華民國南京臨時政府建立後，1月10日，代行臨時參議院職權的各省代表會議決：“以五色旗爲國旗定式”，並諮請臨時大總統孫中山，“即飭部頒佈各省施行”。但是，孫中山否決了這個議案，於1月12日諮復各省代表會雲：

貴會諮來議決用五色旗爲國旗等因，本總統對於此問題，以爲未可遽付頒行……而欲俟滿虜既亡，民選國會成立之後，付之國民公決。若決定於此時，則五色旗遂足爲比較最良之徽志否，殆未易言。

一、 清國舊制，海軍以五色旗爲一二品大官之旗。今黜滿清之國旗，而用其官旗，未免失體。

二、 其用意爲五大民族，然其分配代色，取義不確，如以黃代滿之類。

三、 既言五族平等，而上下排列，仍有階級。

夫國旗之頒用，所重有三：一旗之歷史，二旗之取義，三旗之美觀也。武漢之旗，以之爲全國首義尚矣；蘇浙之旗，以之克復南京；而天日之旗，則爲漢族共和黨人用之南方起義者十餘年。自乙未年陸皓東身殉此旗後，如黃岡、防城、鎮南河口，最近如民國紀元前二年廣東新軍之反正，倪映典等流血，前一年廣東城之起義，七十二人之流血，皆以此旗，南洋、美洲各埠華僑，同情於共和者亦已多年升用，外人總認爲民國之旗。至於取義，則武漢多有極正大之主張；而青天白日取象宏美，中國爲遠東大國，日出東方，爲恆星之最者。且青天白日，示光明正照自由平等之義，著於赤幟，亦爲三色。其主張之理由尚多，但本總統以爲非於此時決定，則可勿詳論。因而知武漢所主張，亦有完滿之解說，究之革命用兵之際，國旗統一，尚非所急……故本總統以爲暫勿頒定施行，而俟諸民選國會成立之後。

諮文後並附有青天白日旗的樣式。

孫中山的真實想法是欲將青天白日旗作爲中華民國國旗，這在諮文中表現得很明顯。他甚至在總統府自己的辦公室內懸掛了一幅青天白日滿地紅的旗子，“總統府職員及賓客多見之”。

待南京臨時政府北遷後，北京臨時參議院續議國旗統一案，並於6月5日最終議決以五色旗爲中華民國國旗。那就是後話了。

否決建都北京

南北議和成功後，2月12日清帝遜位。2月13日孫中山踐約向臨時參議院提出辭職，舉薦袁世凱爲下一任臨時大總統，並提出以南京爲臨時政府所在地。但臨時政府定都南京的主張，在參議院內遭到大多數議員的反對。2月14日，臨時參議院開會討論建都地點，“先後發言者俱主張北京，間有主張南京者”，投票結果是：共有28票，其中20票主北京，5票主南京，2票主武昌，1票主天津。參議院的決議稱：“前經各省代表指定臨時政府地點於南京者，因當時大江以北尚在清軍範圍內，不得不暫定臨時政府適宜之地。今情勢既異，自應因時制宜，定政府地點於北京”，從而否定了孫中山的主張。

孫中山、黃興聞知後，當天即召集參議員中的同盟會員開會，“嚴責不應爲袁張目，黃興尤怒不可遏，雙手插入軍服口袋中踱來踱去。李（肇甫）、黃（復生）以交回複議爲請，黃興遂曰：‘政府決不爲此委曲之手段，議院自動翻案，盡於今日；否則吾將派憲兵入院，縛所有同盟會員去。’”孫中山則行使總統否決權，諮復臨時參議院複議此案。2月15日，臨時參議院開會時，“忽有廣東、廣西議員起言，臨時政府地點須重議，非改在南京，吾輩願以身殉會場。衆謂不可如此，即欲重議，亦須俟總統不以前議爲然，交令複議乃可。言未畢，而交複議之諮文已到，遂重議。”其結果27票中，19票主南京，6票主北京，2票主武昌。複議雖推翻了原案，仍以南京爲都城，但孫中山和黃興的做法業引起了參議員們的普遍不滿，甚至有一些參議員主張辭職。這無疑加劇了臨時參議院與臨時政府的對立情緒。

但到3月初，孫中山迫於各種壓力，放棄了袁世凱來南京就職、臨時政府設於南京的要求，於3月6日向臨時參議院提出政府諮文，其中稱：“袁世凱君可否就北京行正式就職禮與臨時政府地點暫設北京一節，請由參議院決定。” 4月2日，臨時參議院正式議決臨時政府地點，其結果是：主北京者20票，反對者6票。孫中山定都南京的主張歸於失敗。

否決對司法部次長的彈劾

1912年2月中下旬，臨時參議院因臨時政府司法部次長呂志伊“擬捕懲”參議院鄂籍議員劉成禺，對呂志伊提出彈劾，但被孫中山所否決。

事情的經過是這樣的。

劉成禺在臨時參議院的一次會議上，“出言不慎，謂明朝如何如何，本朝如何如何”。呂志伊得知此事後，遂於2月10日致函湖北軍政府軍務部長孫武，並請轉呈兼任湖北軍政府都督的副總統黎元洪，指控劉成禺“違背國憲”，而請示處理辦法，函稱：“該參議員若果爲民國之參議員，尚何本朝之有，若清國之參議員，則不惟民國之參議院中不能容此違背國憲之人，恐貴省人士亦不承認此人也。夫議員之言論行政官原無權干涉，然違背國憲與叛逆重罪則各國憲法均許司法警察捕交裁判所訊辦。對於此事，本宜即行使弟之職權，惟念此次民國之成立全仗貴省人士首先起義，厥功甚偉，故弟未敢遽行派人捕懲，特先函達吾兄聲明理由，祈代轉呈黎副總統請示辦法如何”。

黎閱此函後，大不以爲然，徑致電孫中山及司法部總長伍廷芳稱：“查劉君此次由本省舉爲參議院議員，議論過激或所不免，至如來函所云明朝本朝等字樣是否屬實，未能臆斷，即有該項字樣，亦不過歷舉前史，信口流露，偶失檢點，由議長當場糾正足矣。該函徑指爲違背國憲之人，殊堪詫異。夫文字興獄實亡國之大羰，……參議院爲立法機關，議員爲全國代表，應如何尊重其權限確保共和體制，呂君系司法之人，何反欲藉一字之差，羅織成獄。”

隨後，臨時參議院聞知此事，遂以“呂志伊既不明議院法，並不知司法部是否有逮捕之權，實屬違法”，對其提出彈劾。臨時參議院在《彈劾司法部次長呂志伊違法諮大總統請核辦文》中稱：“此案關係行政官逮捕議員，苟非有違背國憲之確據，而欲施行其逮捕，實爲各國憲法所不容。……此等言論之有無如姑置弗論，即令有之，亦不過出言偶爾失慎，斷不能指爲違憲之確據。且議員在議場院發言，對於院外不負責任，該次長身爲司法行政官，何得濫行干涉。又以湖北省首先起義，未敢遽行捕懲治，並向黎副總統請示辦法，種種違憲，實難姑容。……倘置不糾繩，則立法機關可以隨時橫遭蹂躪，民國前途何堪設想。”

孫中山否決了此彈劾案，發回《諮復參議院彈劾司法部次長呂志伊違法文》。此諮覆文爲呂的行爲進行了辯解：“此次司法次長呂志伊所發之函，系私人書信，在法律上無施行之效力，不能認爲正式公文。該私函所述，僅系發表個人之意思，並無行爲。在法律上亦無徒據個人之意思，不問其有無行爲遽認爲有效之理。來諮以‘欲施行’三字斷之，未免重視意思而忽略行爲矣。貴院議員劉成禺現仍在參議院照常發言，身體言論毫無阻礙，據此即不能斷定呂志伊有不法干涉之行爲。”此彈劾案臨時參議院未能以三分之二多數再次議決，遂告無效，風波漸息。

孫中山在任中華民國臨時大總統的期間，三次行使大總統的否決權，否決國家臨時參議院議決的議案。其中之是非曲直，雖見仁見智，但毫無疑義，這是民國曆史上一段值得關注的記錄。(李學智)