東晉十六國是中國政權更迭最頻繁的一個時期，武將經常推翻自己的君主，自立爲王。西晉滅亡之後，司馬睿以南京爲都城，在相對安全的南方建立了東晉王朝。東晉建立之初，立足江南抵禦北方匈奴、鮮卑的進攻，但是剛剛建立起來的政權並不穩定，一方面要安撫本地百姓，休養生息，另一方面還要安頓好北方的南渡的這些士族，包括以前西晉的一些統治者，貴族等。

東晉建立之初，這些統治者還能夠內部團結，但是到了後期，西晉貴族的奢靡之風逐漸盛行，生活安逸的這些貴族，都漸漸樂不思蜀了。到了東晉後期，土地兼併非常嚴重，農民的負擔也很嚴重，爲了對抗北方政權，不得不大肆徵兵，同時也導致了農民起義，實際上東晉的統治名存實亡。

到了公元420年，掌握東晉實權的大將劉裕廢晉帝自立，導致在之後170多年時間裏，南方政權頻繁更迭，先後經歷了宋、齊、梁、陳四個朝代。這些王朝都把首都定在了南京，歷史上把它們都統稱爲南朝。

劉裕滅掉東晉之後，建國號爲宋，就是宋武帝，他在位的時候比較有作爲，在位30多年，輕徭薄賦，讓江南地區逐漸富裕起來，也是南朝國力最強盛的時候。然而到了陳朝，陳後主不思治理，境內的很多田園都荒廢了，而且稅負也越來越重，導致百姓流亡，而他卻縱情享樂，最後陳朝在他這裏滅亡了。

東晉統治南方的時候，北方也是混亂的狀態，先後出現十幾個少數民族政權，歷史上稱呼它們爲十六國，此後，公元439—581年，大約與南朝同一時期，中國北方先後出現了少數民族建立的北魏、東魏、西魏、北齊、北周五個政權，歷史上稱爲“北朝”。北朝與南朝長期對峙，合稱“南北朝”。

十六國後期，鮮卑族的拓跋氏逐漸強大起來，他們原來生活在大興安嶺北面地區，在東漢末年南遷，逐漸形成了一支強大的軍事力量。後來北魏的拓跋珪消滅了後燕，逐漸佔領了中原，建都平成。最後北魏統一了黃河流域，形成了與南朝對峙的局面。

到了公元6世紀，北周武帝進行一系列改革，政治上加強中央集權，經濟上，解放奴婢，嚴懲隱瞞田地的情況，同時打擊那些官僚的大族，而且還強制那些僧尼還俗，讓他們從事農業生產；軍事上擴大兵源，滅北齊，統一了整個黃河流域。可是周武帝死後，政權又落入了外戚楊堅的手裏。所以整個東晉十六國時期，政權頻繁更迭。