水质不洁或者是当鱼缸内的粪便没有及时清除，会滋生很多有害病菌及微生物，致使微生物或病原体入侵鱼体，引发很多疾病。例如：细菌性疾病烂鳃病，最终会导致鳃丝尖端组织腐烂，造成鳃丝残缺不全，最终引发外伤。同样水质不洁产生的病毒会引起出血病的发生，最终导致部分鳃丝烂掉。由此可见，水质对疾病的影响是不容小视的。

水质导致锦鲤外伤的原因还有就是水质某要素的突变，比如大量换水或者新鱼到家新环境不适应给锦鲤造成的应激反应，使锦鲤跳缸、撞缸等，如果没有及时治疗，那么很有可能会让这些轻微的外伤感染、发炎，最终形成比较大面积的外伤。

不管是缸养还是鱼池养殖，对于饲养锦鲤的人来说，对水质的控制工作是刻不容缓的，无论是色度、温度、溶氧量，还是硬度、酸碱度方面都要符合饲养锦鲤的条件。同时也要注意水中微量元素的控制，例如氨氮、亚硝酸盐、硝酸盐等都必须符合锦鲤的正常接受范围。氨氮含量过高会直接危害锦鲤的生命，而氨氮是食物残渣、锦鲤排泄物等物质的产物，故要时刻注意鱼缸或鱼池的清洁工作。