1965年9月30日深夜，十几辆载着4连全付武装士兵的客车和汽车从哈利姆空军基地附近的一个叫鳄鱼洞的偏僻山村出发，在陆军中校翁东为首的一批年轻军官带领下，向雅加达陆军高级将领住宅区急驰而去。车停后，他们各用 1 个排的兵力去捉拿巴尔曼、苏托约、哈尔约诺、苏普拉多和班查伊丹将军，对国防统筹部长纳苏蒂安和陆军部长雅尼则派了 1 个连的特种部队士兵去突袭。

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官兵们蹑手蹑脚地朝7个预定目标扑去。担任总部设在雅加达的战略后备指挥部的司令的苏哈托没有被列入要捉拿的名单。显然，这次事件的策划者把他低估了，没有料到他在几天后竟然扭转乾坤。3 个排的任务完成得很顺利。，便掏出手枪拒捕，因而被当场击毙。班查伊丹也因拒捕被枪杀。当士兵冲入雅尼的住宅时，雅尼知道情况不妙，他立即奔出房间，锁上玻璃门，一个怒气冲冲的士兵用自动步枪从背后向他扫射，雅尼应声倒地。

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他被拖上卡车时已奄奄一息了。纳苏蒂安算是最幸运了。当士兵们刚要跨入他的私宅大门时，纳苏蒂安的夫人被响声惊醒，她猜到有麻烦了。她迅速锁上通往卧室的边门，推醒自己的丈夫，帮助他翻过与伊拉克大使馆官邸相连接的那堵围墙逃走。副官比雷登中尉的身材和外表酷似纳苏蒂安，他穿起将军服被当做纳苏蒂安蒙上眼睛反绑起来。袭击者将3具将领尸体、3 名将领和假纳苏蒂安押回鳄鱼洞，生者全部处死，7具尸体扔入一口废井中。10月 1日清晨，印度尼西亚广播电台宣读了翁东中校的公告。

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公告说：“‘将领委员会’在美国中央情报局的策划下，暗中进行颠覆印尼政府的活动。他们企图在苏加诺总统因病逝世后夺取政权，但阴谋破产了。为了达到目的，他们又策划在今年10月5日前发动政变。我们领导的‘9. 30’运动是陆军内部的运动，是针对那些对印度尼西亚共和国和苏加诺总统心怀叵测的陆军‘将领委员会’”。中午12点，“革命委员会”成立，宣布接管国家一切权力，并发表了第一号法令。翁东任“革命委员会”主席，苏尔巴佐、空军上校赫鲁、海军上校苏纳尔迪和高级警官安瓦斯任副主席。

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其余40名委员包括空军参谋长达尼、空军上校拉蒂夫和少校苏约诺。“革命委员会”从其组成人员来看，完全是一个经过精心安排的统一战线组织，它包括印尼共产党的最高领导人，陆、海、空、警四大军种的代表以及政府官员。其中许多成员对该机构毫不了解，事先也没有得到通知，也没有征求他们的意见。他们在广播中听到他们的名字，感到十分惊愕。“9. 30 事件”只经历了几小时，其后雅加达一如常态，人们照常上班，商店照常营业。“9. 30 事件”领导人翁东是苏加诺的总统卫队营营长，具有激进思想，当时被认为是陆军中一位前途无量的军官。

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1947年苏哈托结婚时，他是婚礼上的宾客；在1948年茉莉芬事件中，他曾与共产党人并肩战斗过； 1962年苏哈托任解放西伊里安战区司令时，他是其手下的一名军官，在战斗中战功显赫，随即晋升为少校，并任营长。10 月 2 日，印尼共产党机关报《人民日报》发表社论，赞扬“9. 30”运动是爱国和革命的行动。印尼陆军战略后备司令部司令兼马来西亚曼达拉警戒战区司令部副司令苏哈托将军是从广播中听到“9.30”事件的。他在得知纳苏蒂安死里逃生，苏加诺不愿与印尼共领导人艾地走

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而返回茂物总统府后，发表声明，指责翁东的行动是“反革命”行动，并声明由他掌握陆军领导权，于当天出动坦克和装甲部队，还调集了伞兵突击队镇压“9. 30”运动。10 月 1 日黄昏，苏哈托的军队占领了整个雅加达市区，控制了局势。当天下午，空军司令达尼将军发表声明，支持“9. 30”运动，表示坚决保卫苏加诺总统，反对美国中央情报局策划的颠覆活动。10 月 2 日，苏哈托命令伞兵部队、坦克和装甲部队包围了哈利姆空军基地。

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面对这一形势，苏加诺在茂物行宫召开武装部队司令会议，任命普拉诺托将军为陆军“代理司令”，委任苏哈托负责“恢复社会秩序和安全”，并呼吁避免进一步流血。这一来，空军部队就渐渐瓦解了。10 月 4 日，纳苏蒂安—苏哈托军人集团声称“9. 30”运动是印尼共产党一手策划的，于是指使军队和暴徒进行了长达两个月的大屠杀。按照流传的一般说法，约有50万印尼共产党人和群众遇难。印尼共产党总书记艾地也于同年遇难。

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政变领导人翁东身着便装，乘坐公共汽车准备外逃时，被两名士兵认出，遂遭逮捕，于次年3月被处决。1967 年 3月，印尼共产党政治局5名常委中的4位，政治局10名正式委员中的6位都被杀害，印尼官方安塔拉通讯社1966 年10月11日报道说，关于在这次清洗中，死亡50万人的传闻是错误的，实际数字是16万人左右。司法部门调查估计是12万人，而来自各地区和乡村的估计数字约20万人。印尼共产党人在这次屠杀中究竟牺牲了多少，其可靠数字，人们恐怕永远不会知道。

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1966年3月11日，苏加诺在军队的威逼下，被迫签署命令，承认苏哈托的权威。同一天，军队接管印尼中央情报局总部，并宣布解散印尼共产党，“纳沙贡”到此寿终正寝。苏班德里约被捕后，先是判处死刑，由于他“认罪态度较好”，而改判20年徒刑。1968年3月，苏哈托废黜苏加诺，担任印尼总统。在一幅新闻照片上，苏加诺垂头丧气地站在话筒前宣读声明，站在一旁身着军服的苏哈托面带嘲笑冷冷地斜视着他……