慈禧於《辛丑和約》簽字後一個月，八月二十五日，帶了光緒、榮祿、鹿傳霖等人，離開西安迴鑾。十一月十五，到達北京。 十月二l，於中途駐蹕開封之時，慈禧頒旨廢除溥儁的“皇子”名號。在到達北京的第二天，她頒旨追升珍妃爲貴妃。珍妃本是她上一年倉卒離京之時，吩咐太監推到井裏去的。

慈禧與光緒的感情，經過一年多的患難相共，像是恢復了一些。但是統治大權，慈禧卻依然緊握在手。

爲了稍平人民之忿與敷衍洋人，慈禧於迴鑾前後，頗發佈了若干變法維新的詔旨。凡是光緒在百日維新期間所急於實行的新政，慈禧也依樣畫葫蘆什九加以推行，甚至更進一步。例如，廢八股而改試策論；不僅停試弓馬舉重，而根本停考武科(光緒二十七年四月)；普遍推廣近代化教肯，於各省省會設立大學堂，各府及直隸州設立中學堂，各縣設小學堂，又命令各省選派學生出國留學(光緒二十七年八月)；決定從光緒二十九年開始，凡是新科翰林，必須再到京師大學堂讀書(二十八年十一月)；最後，又在光緒三十一年七月下詔取消全部科舉制度。

當年，光緒裁併駢枝機關，她把這些機關一一恢復。現在，她自己動手，先後把詹事府併入翰林院，裁掉東河總督與雲南、湖北、廣東三省的巡撫，歸併太常、光祿、鴻臚三個寺到禮部，歸併太僕寺與練兵處到兵部(改稱陸軍部)，綠營與防勇分期裁汰，改練常備軍與巡警。

洋人於洽訂《辛丑和約》之時，表示總理各國事務衙門應該改組爲“外務部”。慈禧不等到和約簽字便先行照辦，以慶親王奕劻爲首任外務部“總理大臣”，王文韶爲“會辦大臣”，瞿鴻璣爲“會辦大臣兼尚書”，徐壽朋與聯芳爲左、右侍郎。

中樞各部的大改組，是在光緒三十二年九月。原有的六部只有吏、禮二部不動，戶、兵、刑、工四部改爲度支部、陸軍部、法部、農工商部。相當於部的理藩院，改爲理藩部。增設民政部、學部、郵傳部，連同“外務部”，共爲十一個部。

各部除了外務部有總理大臣與會辦大臣以外，均只設一個尚書、兩個侍郎，不分滿、漢(以前六部各設滿、漢尚書各一人，滿、漢侍郎各二人)。

新制首任的十一個尚書之中，有六個漢人、五個滿人。二十二個侍郎之中，有十二個漢人、十個滿人。慈禧顯然是想叫漢人知道：她用人唯才，不分種界。

她甚至以一個漢人——徐世昌，爲首任東三省總督。(光緒三十三年三月，她裁撤奉天將軍、吉林將軍與黑龍江將軍．改設三個巡撫，於三個巡撫之上，加設東三省總督。)

她似乎很誠意於化除滿、漢的隔閡；早在辛丑年年底，她已經頒旨准許滿、漢通婚。

慈禧在她一生最後的七年之中，想做的事極多，但是幫手極少。她頗有意於起用維新的志士，但容不了康、梁二人，又十分畏懼孫中山。她在三十年五月下詔“特赦戊戌黨籍，除康有爲、梁啓超、孫文外。”

李鴻章、榮祿、劉坤一、宋慶、馬玉昆，於《辛丑和約》簽訂以後相繼逝世。剩下的較有才幹的大吏，僅有張之洞與袁世凱二人。她叫張之洞籌辦粵漢鐵路，但又對張不放心，終於把他的兩湖總督官職免了，調來北京充任大學士兼軍機大臣，管理學部。這叫做“明升暗降”。

於是，袁世凱成爲唯一的時代驕子。李鴻章於辛丑年九月臨死之時，上疏保薦他說：“環顧宇內人才，無出袁世凱右者”(有人說，這是袁世凱自己託人添寫進去的)。慈禧從此便一而再再而三地提拔袁世凱：於辛丑年十二月，命他“督辦關內外鐵路事宜”；次年(光緒二十八年)五月，升他爲直隸總督兼北洋大臣；九月，叫他兼任“督辦商務大臣”；十二月，又叫他兼任“督辦電務大臣”。光緒二十九年五月，慈禧把訓練旗人軍隊的大權，也付託袁世凱與鐵良會同辦理。袁世凱所一手訓練的漢人軍隊，六鎮(六個師)被撥了四個出去，仍保留兩個在他的直接指揮之下。 光緒三十三年七月，袁世凱與張之洞同時被調爲軍機大臣。張之洞只有大學士的虛銜，而袁世凱卻兼了外務部尚書。(原任尚書瞿鴻璣免職，總理大臣仍爲慶親王奕劻。)

袁世凱這人遠比不上李鴻章。李鴻章雖只知辦“洋務”而不知如何“維新”，袁世凱則連洋務也不肯好好地辦。袁世凱所關心的只是個人的權勢。慈禧錯認了人，因此而被當時與後世批評爲“毫無變法誠意”。

與袁世凱勾結在一起的，是聲名狼藉的奕劻。和袁世凱作對的，是光緒的弟弟、醇親王(小醇王)載灃。載灃於光緒三十四年正月元旦被慈禧任命爲軍機大臣。九個多月以後，光緒去世。光緒去世的前一日，十月二十日，慈禧病重，令載灃“攝政”，同時頒旨命載灃之子溥儀入宮教養，在上書房讀書。

光緒去世的後一日，慈禧去世。

慈禧在辛丑以後的七年之中，對洋人採取一貫的親善政策，不僅不再有仇教或宣戰的事，而且常常召見甚至招宴各國公使及其夫人。

日、俄戰爭是對她的一大考驗。這戰爭起因於俄軍久佔東三省耍賴不退，使得日本十分關懷。日本所關懷的不僅是“東洋的均勢”，而是它自身對朝鮮勢難吞併。真正關懷東洋均勢的倒是英國。英國於是在光緒二十八年(1902年)和日本締結英、日同盟，給日本壯膽。光緒二十九年十二月，日本對俄宣戰，戰到光緒三十一年四月，將俄國海陸軍擊敗，推進到遼陽、鐵嶺，消滅了俄國的波羅的海艦隊於對馬海峽。俄軍求和，把旅順、大連與所謂南滿鐵路讓渡給日本。

慈禧呢，於英、美、法、意的勸告之下，嚴守“局外中立”，總算逃免了池魚之殃，而事後仍不得不承認俄國與日本之間的“私相授受”。