为防止再次出现多尔衮式的贵族专权，顺治临终之际，特意将原有辅佐幼主的摄政王制度改为四辅政大臣制度。四辅政大臣均为满族王公，仍未摆脱狭隘的部族立场。然而，本在末位的鳌拜很快就独揽了辅政大权。这一年，他进行了第三次大规模的圈地，触动了康熙帝的底线，为日后被杀埋下了伏笔。

清朝历史上出现过三次大规模圈地。第一次是顺治元年、二年间，睿王多尔衮下的两道圈地令，要求籍没明朝公、侯、伯、驸马、皇亲的田产。第二次大规模圈地是顺治四年，圈地令直接扩张到有主的民田。第三次大规模圈地就是康熙五年，鳌拜发起的圈地，要求黄旗与正白旗换地。

满族入关前，采用的是旗主贝勒议事制度，其中两黄旗的王公大臣尤其位高权重，具有狭隘的部族意识。与初唐即已成型的“华夷一体”、“共理天下”、君臣共治的华夏政治制度截然不同。

顺治皇帝执政前期，多尔衮偏袒白旗，冀东肥沃之地俱归白旗所有。康熙的执政初期，虽说是四个辅政大臣，但是鳌拜一家独大。因此，鳌拜为了自身家族利益，提出来黄旗与正白旗换地，如果不够，还要圈民地补之。第三次“圈地令”，实质是制度之争、利益之争。同为辅政大臣的苏克萨哈来自正白旗，在这此圈地中，因为惧怕鳌拜而默不作声。相反地，户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联都以“旗人安业已久，民地曾奉谕不许再圈”为理由，坚决反对。

在康熙五年的十二月份，鳌拜在清圣祖“弗允”的前提下，假借圣旨将这三位大臣诛杀，而此时的康熙羽翼尚未丰满，只能隐忍。第三次圈地在国家治理层面是一次赤裸裸的倒退，既恶劣，又危险。“圈地”恶政的废止，表明满清政权开始有意识地重新回归君臣共治、满汉共治的文明方向。

鳌拜专横跋扈，扰乱朝纲，最终于康熙八年五月，被擒获。康熙在擒鳌拜后，也正式确立了自己的皇权。